Tesis
Sequenciamento de nova geração na identificação de mutações em SCN1A em pacientes com encefalopatias epilépticas da infância
Next generation sequencing identifying mutations in SCN1A in childhood epileptic encephalopathy patients
Registro en:
SOLER, Camila Vieira. Sequenciamento de nova geração na identificação de mutações em SCN1A em pacientes com encefalopatias epilépticas da infância. 2017. 1 recurso online (83 p.). Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP.
Autor
Soler, Camila Vieira, 1990-
Institución
Resumen
Orientador: Íscia Teresinha Lopes Cendes Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas Resumo: As encefalopatias epilépticas da infância (EEI) são distúrbios cerebrais graves em que descargas elétricas anormais podem contribuir para a progressiva disfunção psicomotora. Acredita-se que a atividade elétrica epiléptica durante a maturação do cérebro é uma das principais causas de regressão ou deterioração progressiva do desenvolvimento cognitivo e neuropsicológico em crianças e pode levar à morte precoce. Estudos genéticos têm identificado genes relacionados à etiologia de EEI. No entanto, ainda existe uma grande necessidade de aumentar o conhecimento sobre as características moleculares e clínicas de pacientes com mutações em genes específicos. Este conhecimento só pode ser adquirido se os estudos clínicos forem realizados em grandes amostras de pacientes clinicamente bem caracterizados com EEI. O termo epilepsia generalizada com crises febris Plus (GEFS+, do inglês: generalized epilepsy with febrile seizures Plus) designa uma síndrome epiléptica caracterizada por crises febris que persistem além dos seis anos de idade e por crises afebris variáveis. Apesar de as Epilepsias Generalizadas com Crises Febris Plus estarem classificadas separadamente das Encefalopatias, alguns pacientes com GEFS+ podem apresentar um fenótipo semelhante à Síndrome de Dravet. Foi realizada a validação de sequenciamento de nova geração (NGS), através de um painel de genes, para identificação de alterações genéticas em pacientes com EEI e GEFS+ em comparação com o padrão ouro do sequenciamento de Sanger. O NGS através de um painel de genes é vantajoso sobre as técnicas tradicionais de sequenciamento na utilização para fins clínicos de diagnóstico, pois é otimizada para realizar um número grande de sequenciamentos de uma única vez, reduzindo o tempo e os custos dos testes. Foram investigadas mutações em um grupo de 100 pacientes com EEI e GEFS+ nos genes SCN1A, SCN1B, SCN2A, CHD2, GABRG2 e PCDH19. O gene SCN1A também foi estudado em busca de variações no número de cópias utilizando a técnica Multiplex Ligation-probe Amplification (MLPA). Alterações no gene SCN1A foram encontradas em 20% dos pacientes com EEI e em 40% dos pacientes com GEFS+, o que demonstra a importância de analisar esse gene em busca de alterações não somente nos casos típicos de Síndrome de Dravet, em que sua importância já foi estabelecida, como também em um espectro mais amplo (EEI e GEFS+). Os genes SCN2A e CHD2 também foram relevantes na etiologia das EEIs na nossa casuística. Foi encontrada uma alteração em um paciente com EEI para cada um desses genes, o que corresponde a 1% da casuística estudada. Apesar de os genes SCN1B, PCDH19 e GABRG2 terem sido adicionados ao painel pela sua relação com as EEI relatada na literatura, eles não parecem estar envolvidos na etiologia das EEI ou GEFS+ na nossa casuística Abstract: Childhood epileptic encephalopathies (CEE) are severe brain disorders in which abnormal electrical discharges may contribute to progressive psychomotor dysfunction. It is believed that epileptic electrical activity during brain maturation is a major cause of regression or progressive deterioration of cognitive and neuropsychological development in children and may lead to early death. Genetic studies have identified genes related to the etiology of CEE. However, there is still a great need to increase knowledge about the molecular and clinical characteristics of patients with mutations in specific genes. This knowledge can only be acquired if clinical studies are performed on large samples of clinically well-characterized patients with CEE. The term generalized epilepsy with febrile seizures Plus (GEFS +) refers to an epileptic syndrome characterized by febrile seizures that persist beyond six years of age and by variable afebrile seizures. Although GEFS+ are classified separately from Encephalopathies, some patients with GEFS+ may present a phenotype similar to Dravet's Syndrome. Next generation sequencing (NGS) validation was performed through a panel of genes to identify genetic alterations in patients with CEE and GEFS+ compared to the gold standard of Sanger sequencing. NGS through a gene panel is advantageous over traditional sequencing techniques in application for clinical diagnostic purposes as it is optimized to perform a large number of sequencing at a single time, reducing the time and costs of testing. Mutations were investigated in a group of 100 patients with CEE and GEFS+ in the genes SCN1A, SCN1B, SCN2A, CHD2, GABRG2 and PCDH19. The SCN1A gene was also studied for copy number variations using the Multiplex Ligation-probe Amplification (MLPA) technique. Changes in the SCN1A gene were found in 20% of the patients with CEE and in 40% of the patients with GEFS+, which demonstrates the importance of analyzing this gene in search of alterations not only in typical cases of Dravet's Syndrome, where its importance is already was established, as well as in a broader spectrum (CEE and GEFS+). The genes SCN2A and CHD2 were also relevant in the etiology of CEE in our cohort. One change was found in one patient with CEE for each of these genes, which corresponds to 1% of the studied series. Although the genes SCN1B, PCDH19 and GABRG2 have been added to the panel because of their relationship with CEE reported in the literature, they do not seem to be involved in the CEE or GEFS + etiology in our cohort Mestrado Fisiopatologia Médica Mestra em Ciências 2013/07559-3 132754/2015-0 FAPESP CNPQ