Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos

Protein multiple sequence alignment using genetic algorithms

dc.creatorOrdine, Sergio Jeferson Rafael, 1974-
dc.date2015
dc.date2015-03-07T00:00:00Z
dc.date2017-04-02T20:58:46Z
dc.date2017-06-09T15:08:58Z
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dc.date.accessioned2018-03-29T02:21:09Z
dc.date.available2018-03-29T02:21:09Z
dc.identifierORDINE, Sergio Jeferson Rafael. Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos. 2015. 1 recurso online ( xxiv, 111 p.). Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação, Campinas, SP.
dc.identifierhttp://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/275567
dc.identifier.urihttp://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/1314613
dc.descriptionOrientador: Zanoni Dias
dc.descriptionDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação
dc.descriptionResumo: Uma das ferramentas mais importantes no campo da bioinformática e biologia computacional é o alinhamento múltiplo de sequências (MSA, do inglês Multiple Sequence Alignment). Sua função abrange a criação de árvores filogenéticas, identificação de motifs e domínios conservados, assim como a predição de funções das proteínas e de suas estruturas secundárias e terciárias. Algoritmos genéticos são heurísticas de busca local, utilizadas para problemas de otimização, inspirados nos conceitos da seleção natural: uma popularção de possíveis soluções é criada e iterativamente cruzada e selecionada buscando um resultado mais adequado para o problema sendo tratado. Esta dissertação descreve o estudo realizado no uso de algoritmos genéticos para a resolução do problema de alinhamento múltiplo de proteínas. Como resultado deste trabalho, duas ferramentas foram desenvolvidas: ALGAe, um ambiente para a execução de um algoritmo genético visando o alinhamento múltiplo de proteínas e o Anubis, um visualizador de alinhamentos que permite a comparação entre dois alinhamentos para o mesmo conjunto de proteínas, visando identificar as discrepâncias entre eles
dc.descriptionAbstract: MSA, that stands for Multiple Sequence Alignment, is one of the most important tools on bioinformatics and computational biology fields. Its usage includes phylogenetic trees creation, motifs and conservated domains prediction, as well as protein secondary and tertiary structure and function prediction. Genetic algorithms are heuristics for local search used on optimization problems, inspired on the natural selection concepts: a population of possible solution is created and iterativelly mate and selected in order to search for a suitable solution to the target problem. This dissertation describes the study we proceed on using genetic algorithms to solve the multiple sequence alignment problem. As results of this work, two tools were developed: ALGAe, a genetic algorithm execution environment for MSA solving, and Anubis, a multiple sequence alignment viewer that allows comparing a given MSA against a benchmark, in order to find discrepancies among them
dc.descriptionMestrado
dc.descriptionCiência da Computação
dc.descriptionMestre em Ciência da Computação
dc.format1 recurso online ( xxiv, 111 p.) : il., digital, arquivo PDF.
dc.formatapplication/octet-stream
dc.publisher[s.n.]
dc.relationRequisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
dc.subjectAlinhamento múltiplo de sequências
dc.subjectProteínas
dc.subjectAlgoritmos genéticos
dc.subjectBiologia computacional
dc.subjectMultiple sequence alignment
dc.subjectProteins
dc.subjectGenetic algorithms
dc.subjectComputational biology
dc.titleAlinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos
dc.titleProtein multiple sequence alignment using genetic algorithms
dc.typeTesis


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