En el suelo habitan una gran cantidad de organismos que desarrollan diversas funciones ecológicas, muchas de las cuales son importantes para el crecimiento y desarrollo de las plantas. De estas especies menos del 1% han sido cultivadas o caracterizadas, siendo el suelo uno de los ecosistemas más diversos y menos estudiados del planeta. Para comprender y aprovechar los efectos favorables de los microorganismos del suelo, es necesario primero conocerlos y caracterizarlos. El presente estudio se realizó, con el objetivo de determinar si existen diferencias entre la diversidad y estructura de las comunidades microbianas del suelo en cultivos de cacao y café manejados de forma orgánica y convencional. El trabajo se llevó a cabo analizando 6 pares de muestras de suelo en los primeros 10 cm de la zona rizosférica, a partir de las cuales se extrajo el ADN metagenómico. Fragmentos de ADN ribosomal 16S (de bacterias) y de la región ITS (de hongos) fueron amplificadas por PCR, con cebadores universales. Además, mediante la técnica de DGGE se obtuvieron imágenes de los perfiles de diversidad. A partir de estos perfiles, se estimaron índices de diversidad y las estructuras de las comunidades bacterianas y fúngicas de las muestras, fueron comparadas usando análisis de agrupamiento jerárquicos. Los resultados obtenidos no muestran diferencias significativas a nivel de las comunidades microbianas ni tampoco en las propiedades físico-químicos entre los dos sistemas de manejo evaluados.Soils are populated by a large number of organisms that develop diverse ecological functions, many of which are important for plant growth and development. Of these species less than 1% have been cultivated or characterized, being the soil one of the most diverse and least studied ecosystems on the planet. To understand and take advantage of favorable effects of soil microorganisms, they must be described and characterizes first. This study was conducted to determine whether soil microbial communities differed in their diversity indexes and structure between organically and conventionally managed cocoa and coffee crops. Six pairs of soil samples collected from the top 10 cm of these crops root zone were analyzed. DNA was extracted from these samples and fragments of 16S bacterial ribosomal DNA and fungal ITS region DNA were amplified by PCR using universal primers. Afterwards, the PCR products were electrophoresed using DGGE. From the DGGE profiles diversity indexes were calculated and the structures of the communities in all the samples compared using hierarchical cluster analysis. No significant differences in diversity indexes, or explicative clusters were detected between the two management systems evaluated.Ingeniera AgrónomaCuenca