El suelo es un hábitat complejo y heterogéneo colonizado por una gran diversidad de microorganismos. Una de las principales limitaciones al momento de caracterizar comunidades microbianas es que las metodologías clásicas dependientes de cultivo no permiten estudiar los efectos que sobre estas comunidades causan el manejo y la producción de los cultivos. A continuación se describen las diferencias y similitudes entre comunidades microbianas presentes en suelos cultivados con banano bajo dos sistemas de manejo: orgánico y convencional. Para ello se seleccionaron cinco pares de sitios de muestreo cultivados con banano, se tomaron de 0,25 g de suelo rizosférico y se procedió a extraer el ADN ambiental (metagenoma) usando un kit de extracción. La amplificación de los marcadores moleculares 16S ADNr (bacterias) y región ITS (hongos) se realizó por touchdown PCR utilizado los cebadores universales ITS1-ITS4 / ITS1FGC-ITS2 para la región ITS y F968GC-1401R para el gen que codifica el ADNr 16S; luego se analizó la diversidad, riqueza y estructura bacteriana y fúngica mediante la técnica de Electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) y se calcularon diferentes índices. Los resultados obtenidos demuestran que no se observaron diferencias significativas (p > 0.05) entre las comunidades de suelos orgánicos y las comunidades de suelos convencionalesSoil is a complex and heterogeneous habitat colonized by a great diversity of microorganisms. One of the main limitations when characterizing microbial communities is that culture-dependent classical methodologies do not allow to study the effects caused on them as a community by crop management and production. The differences and similarities between the microbial communities in soils cultivated with banana under the management systems: organic and conventional are described below. For this, five paired sampling sites (banana plantations) were selected, 0.25 g of rhizosphere soil were collected and the environmental DNA (metagenome) was extracted from these samples. Afterwards, fragments of the 16S rDNA (bacteria) and ITS region (fungi) rDNA were amplified by PCR and the electrophoresed using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Diversity indexes (richness, Shannon and equitability) were calculated and sample cluster analysis was coducted from DGGE profiles. The results showed no significant differences (p > 0.05) between the bacterial and fungal communities in organically and conventionally managed soilsIngeniero AgrónomoCuenca