La presente investigación estudia la prevalencia de Candida Albicans, Malassezia Pachidermatis y Aspergillus Fumigatus en asociación con la conjuntivitis en 87 perros, las muestras fueron tomadas de pacientes con y sin signos clínicos de conjuntivitis. Para la identificación de los microorganismos se siguió protocolos estándar con el uso de agar Sabouraud dextrosa. Además para C. albicans se utilizó agar harina de maíz para identificar blastosporas junto con pruebas de filamentación precoz y azucares. Para M. pachidermatis se hicieron pruebas de catalasa, ureasa, azucares y tween. Para medir A. fumigatus se utilizó el micrómetro ocular. Finalmente se realizó el análisis de prevalencia, la prueba de chi cuadrado, la prueba exacta de fisher y estimación de riesgo, considerando para que caso es necesario cada análisis; los resultados obtenidos indican que no existe asociación entre los hongos estudiados y la conjuntivitis clínica en pacientes caninos y como agregado a esta investigación se encontró que los perros con patrón facial braquiocefálico, tienen un 74.44% de riesgo de padecer conjuntivitisThis investigation, studies the “prevalence” of Candida albicans, Malassezia pachidermatis and Asperigillus fumigatus in association with conjunctivitis in 87 dogs, the samples were taken of patients with and without clinical signs of conjunctivitis. For the identification of the microorganisms, standars protocols were followed with the use of Sabouraud Dextrose Agar. Also in the case of C. albicans cornmeal agar was used to identify blastospores along with early filamentation and sugar test. For M. pachidermatis catalase, urease, sugars and tween test were used. For measure A. fumigatus ocular micrometer was used. Finally Prevalence Analysis, Chi square and Fisher's exact test and risk estimation were performed, considering wich case each test is required. The obtained results indicates that it does not exist any association between the studied fungae and the clinical conjunctivitis in cannine patients and in addition to this research it was found that dogs with Brachycephalic facial pattern have a 74.44% risk of developing conjunctivitisMédico Veterinario ZootecnistaCuenca