Muitos sítios de reprodução de aves marinhas insulares na costa do Estado de São Paulo, apesar de serem pontos críticos para a conservação ambiental, não são protegidos integralmente, estando expostos a ameaças que incluem desde o furto de ovos das aves e incêndios criminosos a maus tratos à fauna e flora local.O presente trabalho realizou a análise ambiental de duas ilhas costeiras recentemente protegidas pela legislação ambiental que constituem colônias de aves marinhas ameaçadas de extinção no litoral paulista (Itaçucê e Apara, no município de São Sebastião), e comparou-as com outra abrangida por unidade de conservação da natureza desde 1977 (Ilha da Prainha, no Parque Estadual da Ilhabela).A partir dos levantamentos e observações em campo e da pesquisa bibliográfica, verificou-se que as ilhas que não são protegidas sofrem grandes perturbações na flora e nas colônias de aves marinhas (Sterna hirundinacea, Thalasseus sandvicensis eurygnatha e Thalasseus maximus, sendo que T. maximus procria exclusivamente no Estado de São Paulo e também é considerada ameaçada segundo a lista federal). Observou-se que após a criação de uma unidade de conservação é necessário o desenvolvimento da gestão e do manejo e uma fiscalização rigorosa e efetiva.