La fertilidad del suelo es un factor determinante para la obtención de un buen rendimiento en el cultivo del frijol común (Phaseolus vulgaris L.). El objetivo de este estudio fue validar genotipos de frijol adaptados a condiciones de suelos con bajo contenido de nitrógeno (N) y fósforo (P) para fines de mejoramiento genético y producción comercial. Los ensayos se condujeron en seis fincas de Santa Barbará y en un lote de bajo contenido de N y P en La Vega 4 de Zamorano. Se utilizaron seis líneas de frijol y dos testigos, uno mejorado Amadeus 77 y uno criollo Seda. Las líneas de frijol fueron sembradas utilizando un diseño de bloques completamente al azar (BCA) con tres repeticiones. Se evaluaron las variables de rendimiento (kg/ha), valor comercial, peso seco de cien semillas, días a floración y a madurez fisiológica, reacción al virus del mosaico dorado amarillo, valor agronómico y caracteres radiculares. Los datos se analizaron mediante análisis de varianza y separación de medias con diferencias mínimas significativas al P ≤ 0.05. También se evaluó la distancia genética de las líneas con marcadores moleculares RAPD (Random amplified polymorphic DNA). Las líneas Campechano y SER 125 mostraron un rendimiento superior en suelos con bajos contenidos de N y P. Para los tratamientos sin fertilización, las líneas Campechano y SER 125 presentaron diferencias significativas. El análisis RAPD mostró diferencias genéticas entre las líneas evaluadas que podrán orientar futuras hibridaciones en mejoramiento y selección.