Promover a saúde com eqüidade é um grande desafio para os gestores públicos. A magnitude das desigualdades sociais em saúde e os recursos escassos impõem que as prioridades para a gestão pública se fundamentem no conhecimento da situação de saúde e do impacto de políticas, programas, projetos e ações sobre a saúde e seus determinantes. Este artigo apresenta a proposta metodológica de construção e seleção de indicadores de desigualdades em saúde utilizada pela Pesquisa Avaliativa de Desigualdades em Saúde no Rio Grande do Sul (PADS-RS) para auxiliar a definição de prioridades para a gestão pública. Os indicadores foram construídos visando avaliar desigualdades em saúde como diferenças na qualidade de vida e capacidades humanas socialmente determinadas. A metodologia baseia-se em princípios de promoção ativa da eqüidade que orientam (1) o Sistema Único de Saúde Brasileiro, (2) as pesquisas avaliativas de desigualdades em saúde realizadas no Reino Unido e (3) o método RAWP (Resources Allocation Working Party) de alocação de recursos financeiros públicos em saúde entre regiões e considera as peculiaridades dos sistemas oficiais de informação no Estado e no Brasil.Promoting equality in health is a challenge for policy makers. The magnitude of health inequalities and the shortage of resources require policy development supported by health situation analysis and scientific and expert evidence of the impact of policies, programs and actions in promoting equity. This study presents methodological aspects of the selection of indicators of health inequalities devised by the Inquiry into Inequalities in Health in the State of Rio Grande do Sul to help defining priorities for social policies in Brazil. The indicators were devised to assess health inequalities as differences in quality of living and human capabilities which are socially determined. The method is based on principles of active promotion of equity which orient (1) the Brazilian National Health system, (2) the inquiries into inequalities in health in the United Kingdom and (3) the RAWP method for allocation of financial resources for health among the areas of a country, state or municipality, and take into account the particularities of the information systems in Brazil.