Este artículo enfatiza la importancia de la agroecología en la búsqueda de la sustentabilidad en el manejo de recursos naturales en zonas rurales. Se inicia discutiendo la relevancia de lograr el equilibrio en tre los sistemas natural y social para la sustentabilidad. Se propone la interpretación integral de los sistemas naturales y humanos a través del concepto de coevolución, así como la incorporación de elementos socioculturales y económicos en el análisis de ecosistemas, enfatizando el reto de la transición desde el valor del mercado hacia el valor ecológico y el bienestar humano. En la segunda parte del trabajo se presenta el carácter multidisciplinario del manejo del sistema agroecológico, como requisito primordial para su sustentabilidad, resaltando la importancia de la agroecología en los esfuerzos para lograr el desarrollo, la productividad y la utilidad social a largo plazo. El trabajo finaliza discutiendo el reto de la investigación agrícola hacia el estudio de las interacciones complejas y la transdiciplina, enfatizando la importancia de las instituciones en la investigación y promoción de la práctica agroecológica, para concluir analizando las aplicaciones, limitaciones, potencialidades y perspectivas de la agroecología como disciplina emergente.