O propósito deste trabalho foi o estudo de modelagem matemática e resolução numérica utilizando modelos de compartimentos. Realizou-se medidas de concentração de substâncias em um dado sistema físico fazendo uso de equações diferenciais de ordem fracionária. Os resultados numéricos foram obtidos através da implementação das equações modelo considerando um sistema de dois compartimentos. Uma comparação entre as soluções numérica e analítica foi efetuada. Evidenciou-se o decaimento da concentração da substência ao longo do tempo em ambos compartimentos.