Se realizó un estudio de tipo aplicado de nivel descriptivo, de diseño experimental de corte longitudinal y comparativo y los datos se recolectaron de manera prospectiva, donde el problema fue buscar la eficacia en la desinfección de conos de gutapercha con hipoclorito de sodio (NaOCl) al 5 % frente a cepas de Staphylococcus aureus y Enterococcus faecalis en conos utilizados en la Clínica del Adulto de la Universidad Alas Peruanas Filial Huacho en el 2016. En la literatura científica endodóntica, se encuentran estudios que prueban la eficiencia desinfectante de distintos productos químicos, sin llegar a un consenso acerca de cuál es el mejor; entre estas sustancias más eficaces es el hipoclorito de sodio (NaOCl). Se ha demostrado que dentro de los empaques de conos de gutapercha los microorganismo más frecuentes son los Staphylococcus aureus y junto con otros del género Staphylococcus; inclusive en la manipulación con guantes. Por otra parte, estudios tanto dependientes como independientes de cultivo bacteriano en tratamientos fallidos, han revelado que el Enterococcus faecalis es la especie más frecuente en piezas dentales con tratamiento de conductos, con una prevalencia superior al 90% de los casos; así mismo el objetivo fue Determinar la eficacia en la desinfección de conos de gutapercha con hipoclorito de sodio (NaOCl) al 5 % frente a Staphylococcus aureus y Enterococcus faecalis en conos utilizados en la Clínica del Adulto de la Universidad Alas Peruanas Filial Huacho en el 2016. La muestra –no probabilística. Para la eficacia en la desinfección de los conos de gutapercha con hipoclorito de sodio al 5% frente a cepas de Staphylococcus Aureus y cepas de Enterococcus Faecalis in vitro en Huacho Perú - 2016 se empleará la técnica de la observación directa, por cuanto ésta permite obtener y evaluar una considerable cantidad de información. En los resultados se encontró que en la eficacia en la desinfección se observa que el tubo numero 1 infectado con Staphylococcus Aureus al 1.5x105 dismiuye de 57 colonias a los 30 segundos hasta 6 colonias en el primer minuto y a 9 en el tercer minuto. El tubo numero 2 infectado con Staphylococcus Aureus al 1.5x108 dismiuye de 78 colonias a los 30 segundos hasta 9 colonias en el primer minuto y a 24 en el tercer minuto. El tubo numero 3 infectado con Enterococcus Faecalis al 1.5x105 disminuye de 62 colonias a los 30 segundos hasta 8 colonias en el primer minuto y a 12 en el tercer minuto. El tubo numero 4 infectado con Enterococcus Faecalis al 1.5x108 dismiuye de 81 colonias a los 30 segundos hasta 12 colonias en el primer minuto y a 19 en el tercer minuto. Concluyendo: PRIMERO.- Se ha comprobado que la desinfección con hipoclorito de sodio al 5% en el tiempo de 1 minuto los tubos infectados con Staphylococcus Aureus y Enterococcus Faecalis al 1.5x105 y al 1.5x108 disminuye notoriamente la cantidad de colonias presentes tanto en el grupo control como el grupo experimental siendo más bajo en el grupo experimental. SEGUNDO.- Se ha comprobado que la desinfección con hipoclorito de sodio al 5% en el tiempo de 3 minuto los tubos infectados con Staphylococcus Aureus y Enterococcus Faecalis al 1.5x105 y al 1.5x108 disminuye notoriamente la cantidad de colonias presentes tanto en el grupo control como el grupo experimental siendo más bajo en el grupo experimental. TERCERO.- Se ha logrado la óptima desinfección de los conos de gutapercha de calibre 45 con hipoclorito de sodio al 5%.