El propósito de la investigación fue reflexionar sobre la importancia de conocer la asociación existente entre las habilidades metacognitivas y los diversos procesos de la inteligencia emocional como son: el conocimiento, la comprensión y la regulación de las emociones; por ello, el objetivo formulado fue: determinar la relación que existe entre las habilidades metacognitivas y la inteligencia emocional de los estudiantes del nivel secundario de una Institución Educativa rural del distrito de Yanahuanca, de la región Pasco. Para tal efecto, se desarrolló una investigación de tipo básica nivel correlacional y diseño no experimental transversal-correlacional; los instrumentos utilizados fueron: Inventario de Habilidades Metacognitivas (MAI) y el Cuestionario de Inteligencia Emocional TMMS-24, los cuales fueron debidamente adaptados y validados para el presente estudio. Se trabajó con una muestra de 77 estudiantes del nivel secundario, entre varones y mujeres, quienes fueron seleccionados mediante el tipo de muestreo censal. Los resultados indican una prevalencia del nivel bueno de habilidades metacognitivas con un 58,4% y un nivel promedio de inteligencia emocional con el 48,1%; como conclusión se pudo determinar la existencia de una relación estadísticamente significativa entre las estrategias metacognitivas y la inteligencia emocional de un grupo de estudiantes del nivel secundario de una Institución Educativa rural del distrito de Yanahuanca, región Pasco, con lo cual se rechazó la hipótesis nula y se confirmó la hipótesis alterna. Por ello se sugiere a las autoridades educativas de la xiii institución educativa del distrito de Yanahuanca, fortalecer las habilidades de la inteligencia emocional con la finalidad de coadyuvar con el desarrollo integral de educando. Palabras clave: Habilidades metacognitivas; Inteligencia emocional; Percepción emocional; Comprensión emocional; Regulación emocional.