A produção de maracujá vem ganhando grande importância no Brasil, notadamente a partir das últimas três décadas, o que coloca o país numa situação de destaque no ranking mundial, sendo o maior produtor do mundo. As principais espécies produzidas e exploradas comercialmente são: Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg., o maracujá amarelo ou azedo e Passiflora alata Dryand, o maracujá doce. Apesar de serem espécies bem difundidas, há poucos estudos que as relacionem. Desta forma, o presente trabalho objetivou comparar as polpas das duas espécies, avaliando suas semelhanças e diferenças através de testes físico-químicos e determinando seus compostos bioativos. O estudo foi conduzido no Laboratório de Controle de Qualidade de Alimentos, no Departamento de Alimentos e Nutrição, da Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, campus Araraquara. Para analisar e comparar as espécies estudadas foram utilizadas amostras “in natura” e congeladas de ambas as espécies e foram determinados os compostos bioativos (carotenoides totais, fenólicos totais e flavonóides totais), ácido ascórbico, acidez total titulável (ATT), atividade sequestrante de radicais livres (DPPH) e sólidos solúveis totais (SST). Todas as análises foram realizados em triplicata. Em todas as determinações, o maracujá doce, Passiflora alata Dryand, apresentou valores menores em relação ao maracujá azedo, Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg..Os valores demonstram maiores quantidades de antioxidantes em maracujá amarelo em relação ao maracujá doce. Também demonstram que a indicação de consumo para Passiflora alata Dryand, é do fruto “in natura”, uma vez que para haver industrialização e processamento, há necessidade de maior acidez. Já Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg. demonstra-se adequado para a industrialização.