El Departamento de Sistema de Pagos es el conjunto de instrumentos, sistemas, normas y procedimientos utilizados por los agentes económicos para transferir fondos y efectuar pagos de tal forma que se faciliten las transacciones de bienes y servicios en la economía. Su función principal es asegurar la circulación del dinero en la economía. En la misión de la institución se menciona la importancia de la labor en el departamento; en cuanto a la seguridad y estabilidad del sistema financiero nacional. La Ley del Banco Central y la Ley del Sistema de Pagos y de Liquidación de Valores, establece la importancia del BCH en velar por el buen funcionamiento, seguridad y eficiencia de los sistemas de pagos. Los analistas de la sección de Vigilancia tienen el deber de mantener constante comunicación con los demás departamentos para desarrollar las actividades con la mayor efectividad y prontitud. Algunas de las actividades desarrolladas bajo el cargo de un Analista III, fue desarrollar el Reporte de Saldos diarios, Documentos Rechazados, Cheques devueltos, Sobregiros, Traducción de Documentos, monitoreo de la entrega efectiva del Plan de Contingencia BCH-TR 2020 de las instituciones del sistema financiero, monitoreo de la I Mesa de Innovación Financiera 2020 y actualización de Estadísticas CCECH, ACH-PRONTO, BCH-TR, TEC y TGR.