Detecção por PCR em tempo real e identificação molecular do Banana streak virus e Cucumber mosaic virus de Musa spp

Real Time PCR detection and molecular identification of Banana streak virus and Cucucumber mosaic virus from Musa spp

dc.contributorEliezer Rodrigues de Souto
dc.contributorRicardo Harakava - FAPESP
dc.contributorEliane Gasparino - UEM
dc.creatorBijora, Taise
dc.date2018-04-04T19:46:35Z
dc.date2018-04-04T19:46:35Z
dc.date2013
dc.date.accessioned2023-10-16T12:16:26Z
dc.date.available2023-10-16T12:16:26Z
dc.identifierhttp://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/1213
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/9207149
dc.descriptionCucumber mosaic virus and Banana streak virus cause mosaic and streak diseases in bananas. These two viruses are responsible for severe damages to this crop around the world, limiting the commerce of propagative plant material when they infect banana seedlings. Thus, there is the need to establish plant indexing tools to guarantee the quality of propagative material. The objective of this work was to test Real Time PCR protocols to detect and identify both viruses from banana samples collected in Northern Parana state using TaqMan® probes and SYBR Green®, with primers and probe already described. PCR amplification products were cloned and sequenced, confirming the identity of the viruses as Banana streak OL virus and Cucumber mosaic virus subgroup IA. Real Time PCR analysis resulted in amplification curves, confirming Banana streak OL virus infection in 5 out of 18 analyzed banana samples in TaqMan® Real Time PCR reactions. Cucumber mosaic virus was also detected in both onestep and two-step RT-PCR TaqMan® analysis in naturally infected banana and in inoculated plants of pepper, petunia, squash cv. "Caserta" and tobacco, and the two-step protocol was the most effective one, with better results. Infected banana plants were also tested for Cucumber mosaic virus by SYBR Green®, with two distinct pair of primers, and only one of them resulted in amplifications exclusively in known Cucumber mosaic virus infected plants.
dc.descriptionO Cucumber mosaic virus e o Banana streak virus causam as doenças do mosaico e das estrias foliares da bananeira, respectivamente, e podem causar danos severos na cultura, além de limitar o comércio de material propagativo, caso estejam presentes nas mudas de bananeira. Assim, destaca-se a necessidade de se estabelecer metodologias para a indexação de plantas, garantindo o uso de materiais propagativos de alta qualidade. O objetivo deste trabalho foi testar protocolos para a detecção destes vírus através da PCR em Tempo Real, utilizando sondas TaqMan® e SYBR Green®, com primers e sondas descritos na literatura, para a detecção e identificação molecular de isolados destes vírus, provenientes de amostras de bananeira coletadas na região Norte do Paraná. Produtos de amplificação por PCR foram clonados e sequenciados, confirmando a identidade dos vírus, os quais foram identificados como Banana streak OL virus e Cucumber mosaic virus do subgrupo IA. As análises por PCR em Tempo Real resultaram em curvas de amplificação, realizadas em amostras de bananeiras infectadas por BSV, sendo que das 18 amostras analisadas, 5 resultaram positivas nas reações utilizando a sonda TaqMan®. Do mesmo modo, foram obtidas as curvas de amplificação nas análises com sonda TaqMan® em amostras de bananeiras naturalmente infectadas com o Cucumber mosaic virus e em amostras de pimentão, petúnia, abóbora cv. "Caserta" e fumo inoculadas, utilizando o protocolo de RT-PCR em duas etapas, que proporcionou os melhores resultados nas reações TaqMan®. Plantas de bananeiras infectadas também foram testadas para o Cucumber mosaic virus utilizando SYBR Green®, com dois pares de primers distintos, sendo que apenas um dos pares de primers testados resultou em amplificações exclusivamente em plantas infectadas com o vírus.
dc.descriptionxiii, 90 f
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Estadual de Maringá
dc.publisherBrasil
dc.publisherDepartamento de Agronomia
dc.publisherPrograma de Pós-Graduação em Agronomia
dc.publisherUEM
dc.publisherMaringá, PR
dc.publisherCentro de Ciências Agrárias
dc.rightsopenAccess
dc.subjectVirologia vegetal
dc.subjectBananeira
dc.subjectPCR em tempo real
dc.subjectDetecção molecular, Virologia
dc.subjectCMV
dc.subjectBSV
dc.subjectCMV
dc.subjectTaqMan®
dc.subjectSYBR Green®
dc.subjectBrasil.
dc.subjectBSV
dc.subjectCMV
dc.subjectTaqMan®
dc.subjectSYBR Green®
dc.subjectBanana
dc.subjectBrazil.
dc.subjectCiências Agrárias
dc.subjectAgronomia
dc.titleDetecção por PCR em tempo real e identificação molecular do Banana streak virus e Cucumber mosaic virus de Musa spp
dc.titleReal Time PCR detection and molecular identification of Banana streak virus and Cucucumber mosaic virus from Musa spp
dc.typemasterThesis


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