A bacia do rio Araguaia abrange os municípios de Aragarças, Alto Araguaia, Araguacema, Conceição do Araguaia, Araguaiana, Aruanã, Barra do Garças, Araguanã, São Geraldo do Araguaia, Baliza, Cocalinho, Araguatins, São João do Araguaia, Britânia (distrito de Itacaiú - Barreira Branca do Araguaia), Ponte Branca, Esperantina, Santana do Araguaia, Nova Crixás (distrito de Bandeirantes), São Félix do Araguaia, Caseara, Bela Vista do Araguaia, São Miguel do Araguaia (povoado de Luiz Alves), Luciara, Couto de Magalhães, Santa Maria das Barreiras, Santa Rita do Araguaia, Santa Terezinha, Xambioá, Palestina do Pará e Torixoréu. O estudo abrange os estados de Goiás, Mato Grosso, Tocantins e Pará. O rio Araguaia nasce nos municípios de Mineiros (GO) e Alto Taquari (MT). A área abrange também os biomas do Cerrado e da Amazônia, além da Ilha do Bananal, Serra do Caiapó e o Parque Nacional das Emas.