Este artigo trata da influência que os grandes sistema de falhamentos do Rio Grande do Sul produzem na estruturação espacial e hidroestratigráfica do Sistema Aqüífero Guarani (SAG). Foram confeccionadas sete seções geológicas e hidrogeológicas que permitiram a delimitação de quatro grandes compartimentos estruturais. O Compartimento Leste é limitado pelo Sistema de falhamentos do Leão e os aqüíferos estão associados com as Formações Botucatu e Pirambóia ou exclusivamente Fm. Botucatu na porção norte-nordeste do compartimento. O Compartimento Oeste é limitado pelo Sistema de falhamentos Jaguari-Mata e sua hidroestratigrafia é semelhante à da porção uruguaia do SAG, com a ocorrência das Formações Guará e Botucatu correlacionáveis com Formação Tacuarembó do Uruguai. O Compartimento Norte-Alto Uruguai pertence à área de influência norte do Sistema de falhamentos Terra de Areia-Posadas, estando totalmente confinado pelos derrames vulcânicos, e o SAG é representado apenas por litologias eólicas da Formação Botucatu. O Compartimento Central caracteriza-se principalmente pela presença de aqüíferos associados com as formações triássica.