Sistemas de alerta de eventos críticos permitem que agências governamentais, instituições públicas e privadas, defesa civil e cidadãos possam ser alertados e auxiliar na tomada de decisão. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar o efeito da discretização na calibração do MGB-IPH para a bacia do rio Uruguai, em termos da representação de cheias, tempo de processamento e tempo de pré-processamento. Buscou-se investigar a relação de custo versus benefício em utilizar diferentes tamanhos de trechos de rio no processo de discretização da área, mais especificamente na segmentação da rede de drenagem por comprimento fixo. Concomitantemente a este estudo está a calibração e operacionalização do modelo MGB-IPH para a bacia do rio Uruguai pelo Serviço Geológico do Brasil - CPRM, inserido no projeto “Sistema de Alerta Hidrológico na Bacia do Rio Uruguai”. Com os resultados obtidos, de modo geral, tem-se a tendência de quanto mais refina a discretização melhores são os resultados, porém maior custo computacional. Na comparação com a discretização inicial (10km), o trecho de 7km apresentou os melhores resultados na representação da cheia, porém o tempo de simulação foi demasiado elevado, não justificando tal refinamento. Já com o trecho de 20km, obteve-se redução significativa do tempo de simulação com pouca atenuação da qualidade.