The objective of this research work was to evaluate the presence of fungal microbiota in the air in two neonatal intensive care units in the city of Barranquilla, for this a six (6) stage cascade impactor was used. The measurements were carried out in a period of three (3) months, during which five (5) monitorings were carried out in the UCINH1 and three (3) in the UCINH2. The statistical analysis of the data was developed through a generalized linear regression model, which was established as influencing the concentration of the variables Stage, ICU and Monitoring. It was found that the UCINH1 was the one that presented the average concentration of fungi corresponding to 46 CFU / m3, higher than the 33 CFU / m3 found in the UCINH2. Likewise, a greater presence of fungi was detected in the last stages of the sampler, where particles between 0.6 and 3.3 µm are retained, associated with a greater risk because they are capable of entering the primary bronchi up to the alveoli. Among the taxa identified, the genera Aspergillus and Penicillum were those that showed a greater predominance. Finally, the results are not reflected in the possible relationship between cleaning procedures and fungal bioaerosol concentrations.La calidad de aire dentro de ambientes interiores como las unidades de cuidados intensivos neonatales (UCIN) ha estado cobrando importancia a lo largo de los años, debido a la presencia de agentes fúngicos en altas concentraciones con cualidades alergénicas e infecciosas que puede generar afectaciones a los pacientes que se encuentran inmunodeprimidos. Entre las principales causas de infecciones intrahospitalarias (IIH) en neonatos se encuentran las infecciones respiratorias por agentes fúngicos. El objetivo de este trabajo investigativo fue evaluar la presencia de microbiota fúngica en el aire en dos unidades de cuidados intensivos neonatales de la ciudad de Barranquilla, para esto se utilizó un impactador de cascada de seis (6) etapas. Las mediciones fueron realizadas en un lapso de tres (3) meses, en los cuales se realizaron cinco (5) monitoreos en la UCINH1 y tres (3) en la UCINH2. El análisis estadístico de los datos fue desarrollado a través de un modelo de regresión lineal generalizado, el cual estableció como influyente sobre la concentración las variables Etapa, UCI y Monitoreo. Se encontró que la UCINH1 fue la que presentó la mayor concentración promedio de hongos correspondiente a 46 UFC/m3 , superior a 33 UFC/m3 encontrados en la UCINH2. Así mismo, se detectó mayor presencia de hongos en las últimas etapas del muestreador, en donde se retienen partículas entre 0,6 y 3,3 µm asociadas a un mayor riesgo debido a que son capaces de ingresar a bronquios primarios hasta los alveolos. Dentro de los taxones identificados fueron los géneros Aspergillus y Penicillum los que evidenciaron una mayor predominancia. Por último, los resultados no reflejaron posible relación entre los procedimientos de limpieza y las concentraciones de bioaerosoles fúngicos.