Introdução: A microbiota intestinal humana é composta por um complexo e diversificado ecossistema bacteriano que vive simbioticamente com seu hospedeiro. A microbiota intestinal possui grande participação no processo saúde-doença dos seres humanos, e sua disbiose pode estar associada a doenças como autismo, Parkinson, esquizofrenia e Alzheimer e também nas desordens mentais da ansiedade e depressão. Pesquisas recentes têm confirmado a existência da comunicação e da influência da microbiota sobre o cérebro, através do eixo microbiota-intestino-cérebro. Uma complexa via de sinalização se forma pelo eixo microbiota-cérebro, integrando importante centros cerebrais e influenciando as respostas comportamentais e estímulos de estresse, ansiedade e depressão. Objetivos: Este trabalho tem como objetivo avaliar os efeitos e a influência da microbiota intestinal nos transtornos da ansiedade e depressão. Metodologia: Trata-se de uma revisão integrativa de literatura, que possibilita uma análise sobre pesquisas desenvolvidas sobre o tema. Foram selecionados artigos científicos disponíveis nas bases de dados virtuais em saúde, publicados entre os anos 2012 a 2022. Resultados e discussão: Alguns estudos com fezes humanas de pacientes ansiosos e deprimidos mostraram diversidade do ecossistema em relação a pacientes controle e alguns estudos em camundongos gnotobióticos revelaram alterações cognitivas significativas relacionadas a ansiedade e depressão. Produtos secundários do metabolismo bacteriano como serotonina, acetilcolina, GABA, dopamina e noradrenalina também causam influência no eixo microbiota-intestino-cérebro. Conclusão: A disbiose no ecossistema da microbiota, revela que tais alterações podem influenciar nas funções cognitivas, incluindo comportamento ansioso e depressivo. Compreender como podemos modular a microbiota intestinal em função da melhora da saúde, faz com que se abra novos campos para pesquisas e possíveis tratamentos alternativos à medicação farmacológica.