OBJETIVO: Analisar as limitações do princípio da autonomia dos títulos de crédito à luz da doutrina e jurisprudência sob a ótica das operações de fomento mercantil. MÉTODO: Trata-se de uma pesquisa exploratória e de abordagem qualitativa; quanto ao procedimento, classificada como uma coleta de dados bibliográfica, através da consulta doutrinária, e documental, a partir da legislação infraconstitucional e decisões do Superior Tribunal de Justiça e Tribunal de Justiça de Santa Catarina. RESULTADOS: No que diz respeito aos títulos de crédito em operações comuns que não envolvam o fomento mercantil, há um alinhamento do Tribunal de Justiça de Santa Catarina com a doutrina a respeito do princípio da autonomia dos títulos de crédito. Já no que diz respeito somente às operações de fomento mercantil, há uma tendencia para a relativização do princípio da autonomia dos títulos de crédito nas operações de factoring por parte do Superior Tribunal de Justiça e Tribunal de Justiça de Santa Catarina. CONCLUSÃO: Há uma limitação do princípio da autonomia dos títulos de crédito dentro da prática de fomento mercantil, condizente ao posicionamento do Tribunal de Justiça de Santa Catarina, o qual segue a posição elevada do Superior Tribunal de Justiça, evidenciando-se, em situações específicas demonstradas nesta pesquisa, uma divergência entre a doutrina majoritária e o posicionamento dos tribunais citados.