Introdução: a doença do enxerto aguda do trato gastrointestinal ocorre quando células do doador reconhecem órgãos do trato gastrointestinal do receptor como estranhos e organizam um ataque imune contra os tecidos do paciente. Possui altas taxas de morbidade e mortalidade dentre os pacientes submetidos ao transplante de medula óssea alogênico e possui desafios ao diagnóstico. Objetivo: conhecer o perfil dos pacientes submetidos ao transplante de medula óssea alogênico e a incidência de doença do enxerto contra o hospedeiro aguda no trato gastrointestinal. Método: estudo transversal descritivo, realizado num serviço de referência no Estado de Santa Catarina. Análise de 45 prontuários de pacientes submetidos ao transplante de medula óssea alogênico entre 2018 e 2020. Os dados foram tabulados no Windows Excel e analisados pelo programa StatisticalPackage for the Social Sciences 18.0. Dados qualitativos foram apresentados na forma de frequências simples e relativa, enquanto quantitativos por média e Desvio Padrão (DP). Aprovado pelo comitê de ética em pesquisa. Resultados: a incidência da DECH aguda do TGI foi de 17,39%. A idade média foi de 40,60 anos, 51,1% do sexo feminino, 77,8% sem nível superior e 64,5% com atuação profissional ativa. Diagnósticos onco-hematológicos mais prevalentes foram leucemias agudas, com 53,3% de histocompatibilidade tipo haploidêntica. Todos os pacientes com suspeita de DECH apresentaram sintomas, sendo 62,5% náusea, e 50% foram submetidos à endoscopia entre 6 e 89 dias. Conclusão: resultados encontrados neste estudo reforçam a incompatibilidade de HLA como fator de risco para o desenvolvimento de DECH aguda do trato gastrointestinal. Para estabelecer mais relações, é necessário novo estudo com maior amostra populacional que permita essa definição. Palavras-chave: Doença enxerto-hospedeiro. Doença aguda. Trato gastrointestinal. Transplante alogênico. Transplante de medula óssea. Endoscopia gastrointestinal.