O gênero Jatropha pertencente à família Euphorbiaceae possui cerca de 170 espécies distribuídas nas regiões semi-áridas tropicais da África e das Américas. Dentre as espécies do gênero Jatropha, encontram-se o pinhão-manso (J. curcas L.), o pinhão-bravo (J. pohliana Müell), como é conhecido no Brasil e o pinhão-roxo (J. gossypiifolia L.). Estudos da variabilidade fenotípica e genética de uma população são importantes para melhoristas de plantas, pois auxiliam na caracterização de acessos, além de facilitar na seleção de parentais para cruzamentos direcionados. Assim, o presente estudo objetivou avaliar acessos de três espécies do gênero Jatropha de diferentes regiões do Brasil, por meio de caracteres morfológicos e marcadores moleculares ISSR, visando agrupá-los de acordo com o grau de divergência existente. Observou-se maior variabilidade interespecífica do que intraespecífica para grupos de acessos, tanto para caracteres morfológicos quanto para moleculares. Caracteres qualitativos e quantitativos mostraram variabilidade entre acessos e poderão servir como base em estudos genéticos futuros de espécies Jatropha. Não houve relação entre o padrão de similaridade e a procedência geográfica de acessos nas análises de agrupamentos pelo método UPGMA. A porcentagem média de polimorfismo encontrada para marcadores ISSR entre os acessos estudados foi de 40,6%. Houve maior similaridade genética entre acessos de J. pohliana e J. gossypiifolia e menor entre J. pohliana e J. curcas.The genus Jatropha belongs to the Euphorbiaceae family, it has about 170 species distributed in tropical semi- arid regions of Africa and the Americas. Among the species of Jatropha are physic nut (J. curcas L.), pinhão-bravo (J. pohliana Müell), as is known in Brazil and purple pinion (J. gossypiifolia L.). Studies of phenotypic and genetic variability of a population are important for plant breeders, as they help in the characterization of accessions, and facilitate the selection of parents for crosses targeted. Thus, the present study aimed to evaluate Jatropha accessions of three species by morphological characters and ISSR molecular markers in order to group them according to the degree of divergence. There was greater variability in interspecific than intraspecific groups to access, both for morphological and molecular characters. Qualitative and quantitative characters showed variability among accessions and could serve as a basis for future genetic studies of Jatropha species. There was no relation between the pattern of similarity and geographic origin of accessions in the cluster analysis by UPGMA. The average percentage of polymorphism for ISSR found among the accessions studied was 40.6%. There was greater genetic similarity among accessions of J. pohliana and J. gossypiifolia and lower among J. pohliana and J. curcas.