Objective : To analyze, through molecular biology, the diversity of the intestinal microbiota before and after resection of the ileocecal junction and reconstruction of intestinal transit with and without the creation of a neosphincter. Methods Methods Methods Methods Methods : Fourteen Wistar rats were divided into two groups: Group A (n = 7), submitted to resection of the ileocecal valve and end-to-end, single- layer ileocolic anastomosis; and Group B (n = 7) with resection of the ileocecal valve and end-to-end, single-layer ileocolic anastomosis followed by construction of an artificial sphincter. Intraluminal contents were collected from both groups. The animals were reoperated 20 days after the first procedure, with new collection of intraluminal contents of the ileum and colon. From the samples collected, DNA was extracted for PCR-DGGE. The electrophoretic banding patterns generated in the reaction were analyzed for similarities and diversities of the microbiota. Results Results Results Results Results : The diversity of microorganisms was larger and in more samples when collected from the ileum than from the colon. The group with the neosphincter showed the highest variation in the colon, from 2.11 to 2.93. In three animals from each group w established similarity comparison, and they displayed no similarity with controls. Conclusion Conclusion Conclusion Conclusion Conclusion : ileocecal resection led to changes in ileal microbiota and, with the creation of new sphincter, the changes were even greater.OBJETIVO: analisar através de biologia molecular a diversidade da microbiota da junção ileocecal antes e após a ressecção da válvula ileocecal e reconstrução do trânsito com e sem a criação de "neoesfíncter". MÉTODOS: Os animais foram distribuídos em dois grupos: Grupo A (n=7) com ressecção da válvula ileocecal e anastomose ileocólica término-terminal em plano único, e Grupo B (n=7) com ressecção da válvula ileocecal e anastomose ileocólica término-terminal em plano único e confecção do esfíncter artificial. Reoperados com 20 dias coletou-se novamente conteúdo intraluminar do íleo e do cólon. Das amostras coletadas, extraiu-se DNA para reação de PCR-DGGE. Os padrões de bandas eletroforéticas , gerados na reação, foram submetidos ao programa Bionumerics para análise da similaridade e da diversidade da microbiota. RESULTADOS: a diversidade da microbiota foi maior e em mais amostras do íleo do que as do cólon. O grupo com a válvula apresentou os maiores valores e variações no cólon de 2,11 a 2,93. Em três animais de cada grupo estabeleceu-se comparação da similaridade e não se assemelharam ao controle. CONCLUSÃO: a ressecção da válvula ileocecal levou à mudanças da microbiota ileal e, com a criação de novo esfíncter, as variações foram maiores.