-A educação interprofissional e a prática colaborativa entre profissionais de saúde são estratégias que podem otimizar os serviços de saúde. As competências para a prática colaborativa interprofissional incluem a integração de conhecimentos, habilidades e valores dos profissionais de saúde. O estudo teve como objetivo analisar a colaboração interprofissional em Comissões de Farmácia e Terapêutica (CFTs), tendo como cenário uma CFT municipal e outra de um Distrito Sanitário Especial Indígena (DSEI). Foram coletados dados de 20 profissionais de saúde por meio de um formulário eletrônico, sendo a escala AITCS II-BR utilizada para medir a colaboração interprofissional. Os resultados foram analisados estatisticamente utilizando o software Jamovi, sendo conduzidas análises descritivas, psicométricas e testes estatísticos (Mann-Whitney e Kruskal-Wallis) para comparar os grupos estabelecidos, a confiabilidade do questionário foi avaliada usando o coeficiente de Alfa de Cronbach. O estudo foi aprovado pelo comitê de ética sob número de CAAE 59202022.2.0000.5147. A análise descritiva dos dados gerou pontuações médias para cada dimensão, que foram combinadas para determinar um escore geral de colaboração. O fator de cooperação foi o mais destacado na amostra, indicando sua relevância na colaboração interprofissional. Os escores foram comparados entre a CFT municipal (grupo A) e a CFT do DSEI (grupo B), apresentando resultados significativos nos fatores de cooperação, parceria e escore total de colaboração (valor de p ≤ 0,05). A análise de variância pelo teste de Kruskal-Wallis também mostrou diferenças significativas nestes escores para os grupos avaliados. O estudo ressalta a importância das relações interpessoais e da educação interprofissional na prática colaborativa. Os achados podem contribuir para o fortalecimento do trabalho das CFTs e auxiliar na garantia da qualidade do serviço prestado pelas comissões.