Este trabalho visa a analisar os conflitos de jurisdição existentes entre os sistemas de solução de controvérsias regional e multilateral. Primeiramente se faz o cotejo da evolução dos dois sistemas de comércio internacional, de modo a comprovar que ambos partem de uma mesma vertente, não sendo contraditórios, podendo atuar conjuntamente, uma vez que não há hierarquia entre a Organização Mundial do Comércio (OMC) e os Acordos Regionais. Contudo, há uma ausência de normas que discipline a relação entre os mecanismos de resolução de litígio. Para tanto, trata-se de mecanismos existentes no Direito Público, a fim de verificar a aplicabilidade no Direito Internacional Econômico, tais como os institutos oriundos da Teoria Geral do Processo, a conexão, a litispendência e a coisa julgada. Além das cláusulas de eleição de foro que estão inseridas em alguns textos normativos dos acordos regionais, bem como, os princípios do foro non conveniens e foro conveniens. Assim, descreve-se o posicionamento da jurisprudência da OMC e atuação dos mecanismos regionais em dois casos em que houve conflito de jurisdição entre a OMC e os blocos regionais (NAFTA e MERCOSUL).