Bioprospecção in silico dos genes que codificam as enzimas α-galactosidase e β-galactosidase em amostras de solo de cinco manejos agrícolas

Insilico bioprospection of the genes encoding the enzymes α-galactosidase and β-galactosidase in soil samples of five agricultural managements

dc.contributorPereira, Rodrigo Matheus
dc.contributor0000-0001-6025-5118
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/8155952045293310
dc.contributorBonfá, Maricy Raquel Lindenbah
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5670504878145026
dc.contributorCandido, Liliam Silvia
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/5225778566440333
dc.creatorSouza, Jéssica Patricia de Sá
dc.date2022-04-08T18:38:15Z
dc.date2022-04-08T18:38:15Z
dc.date2020-11-30
dc.date.accessioned2023-09-29T12:26:45Z
dc.date.available2023-09-29T12:26:45Z
dc.identifierSOUZA, Jéssica Patricia de Sá. Bioprospecção in silico dos genes que codificam as enzimas α-galactosidase e β-galactosidase em amostras de solo de cinco manejos agrícolas. 2020. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2020.
dc.identifierhttp://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4843
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/9103630
dc.descriptionThe enzymes α-galactosidase and β-galactosidase have biotechnological applications, from the textile area to the health area. Both enzymes are present in vegetables, mainly in legumes. Since the soil is an environment with wide microbial diversity, presenting heterogeneity in its microbiota, it makes it difficult to analyze it in a conventional manner, due to limitations of microbial cultivation, making the application of metagenomic analysis necessary. The work aimed to identify through bioinformatics analysis in the total metagenomic DNA genes that encode α-galactosidase and β-galactosidase enzymes in different soil samples from agricultural managements. Five samples of management soils were collected and made available by the Embrapa Agropecuária Oeste farm, located in the city of Dourados-MS. The five samples were subjected to extraction of the total DNA made by the sequencing data WGS (Whole-genome Shotgun) through the Illumina Hiseq 2500 technology, the data used in this work were obtained in a previous study. The sequencing of the five samples, generated a total of 460,236 ORFs, which were later aligned by the Blastall program, against the databases of the enzymes α-galactosidase and β-galactosidase, which respectively generated 59010 and 12298 alignments. The data were exported to the MEGAN 6 program and later to STAMP. The enzymes α-galactosidase and β-galactosidase were found in all soil samples, obtaining statistically significant differences, which were analyzed at the level of phylum and gender. Indicating that there is a higher proportion of bacterial genera.
dc.descriptionAs enzimas α-galactosidase e β-galactosidase possuem aplicações biotecnológicas, desde a área têxtil até a área da saúde. Ambas as enzimas estão presentes em vegetais, principalmente em leguminosas. Sendo o solo um ambiente com ampla diversidade microbiana, apresentando heterogeneidade em sua microbiota, traz dificuldade em sua análise de maneira convencional, devido a limitações de cultivo microbiano, tornando a aplicação de análises metagenômicas necessárias. O trabalho teve como objetivo identificar através de análises de bioinformática no DNA total metagenômico genes que codificam enzimas α-galactosidase e β-galactosidase em diferentes amostras de solo de manejos agrícolas. As cinco de solos de manejos foram coletadas e disponibilizadas pela fazenda Embrapa Agropecuária Oeste, localizada no município de Dourados-MS. As cinco amostras foram submetidas a extração do DNA total feito pelos dados de sequenciamento WGS (Whole-genome Shotgun) através da tecnologia Illumina Hiseq 2500, os dados utilizados neste trabalho foram obtidos em um estudo anterior. O sequenciamento das cinco amostras, gerou um total de 460.236 ORFs, que foram alinhadas posteriormente pelo programa Blastall, contra os bancos de dados das enzimas α-galactosidase e β-galactosidase, que respectivamente geraram 59010 e 12298 alinhamentos. Os dados foram exportados ao programa MEGAN 6 e posteriormente ao STAMP. As enzimas α-galactosidase e β-galactosidase foram encontradas em todas as amostras de solos, obtendo-se diferenças estatísticas significativas, que foram analisadas a nível de filo e gênero. Indicando que existe maior proporção de gêneros de bactérias.
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal da Grande Dourados
dc.publisherBrasil
dc.publisherFaculdade de Ciências Biológicas e Ambientais
dc.publisherUFGD
dc.rightsAcesso Aberto
dc.subjectMicroorganismos do solo
dc.subjectPreparação do solo
dc.subjectHidrolases
dc.subjectSoil micro-organisms
dc.subjectSoil management
dc.subjectHydrolases
dc.subjectCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS
dc.titleBioprospecção in silico dos genes que codificam as enzimas α-galactosidase e β-galactosidase em amostras de solo de cinco manejos agrícolas
dc.titleInsilico bioprospection of the genes encoding the enzymes α-galactosidase and β-galactosidase in soil samples of five agricultural managements
dc.typeTrabalho de Conclusão de Curso


Este ítem pertenece a la siguiente institución