A compilation of threatened mammals data on Mato Grosso do Sul state portion of Paraguay River Basin natural protected areas was done in order to evaluate the protection level of those areas for the surveyed species. The species occurrence was evaluated from the scientific papers and natural protected areas management plans besides the species action plan analysis. Eighteen threatened mammals species were registered on surveyed natural protected areas; only three were considered being relatively protected and three are facing a highlocal extinction risk. Those data are important to increase the knowledge on threatened mammals on the Mato Grosso do Sul state and for highlighting the importance of natural protected areas for the protection of threatened species in order to provide inputs for further studies on biodiversity protection.O presente trabalho apresenta a compilação de dados de ocorrência da mastofauna ameaçada de extinção em unidades de conservação na Bacia do Alto Paraguai, no estado do Mato Grosso do Sul. Foram analisados os planos de manejo das unidades de conservação na Bacia e os planos de ações nacionais, avaliando a existência de ações de proteção e conservação das espécies. Dezoito espécies de mamíferos ameaçados foram registradas, sendo apenas três consideradas relativamente protegidas e três com menor proteção, e, portanto, com alto risco de extinção local. Este trabalho é de grande importância para o conhecimento da mastofauna ameaçada no estado, destacando a importância das unidades de conservação para a proteção das espécies ameaçadas e fornecendo subsídios para outros estudos referentes à proteção da biodiversidade.