Trabalho de Conclusão de Curso
Análise de genes de resistência no transcriptoma de Panicum maximum Cv. tamani
Registro en:
ANDRADE, Thayná Cristina Stofel. Análise de genes de resistência no transcriptoma de Panicum maximum Cv. tamani. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2018.
Autor
Andrade, Thayná Cristina Stofel
Institución
Resumen
Species of the genus Panicum include important forages that stand out in Brazil, due to high productivity, adaptability to grazing, environmental conditions and management, especially in cultivated areas. This high adaptability is of great importance to the scientific community as it reveals genes that can be used for genetic transformation. Hydric stress can have significant impacts on plant growth and development. The genes that are expressed under these conditions can be analyzed through bioinformatics, which is a tool that enables different analyzes such as transcriptomics. With the present work, the objective was to search for resistance genes to P. maximum diseases through transcriptomy, raising the domains and classes of resistance proteins and doing 3D modeling of proteins with the domains found. This was done by performing a local alignment of the transcripts, organizing the results into a database. Next, a survey of domains and resistance classes was carried out, followed by 3D modeling. From the physiological condition of Panicum maximum water stress, the presence of 8 different resistance-related protein domains was verified, being the most expressive domains Serine-Threonine-Kinase, NBS and LRR. The expression of 10 different classes of resistance-related proteins was observed, the most expressive classes being RLP, NL and CNL; and similarity of resistance sequences between Panicum maximum and 13 different species was observed, being the species with more sequences similar Setaria italica, Panicum virgatum and Sorghum bicolor. The 3D modeling of proteins from each observed domain allowed a greater understanding of the functions of each of the modeled proteins, resulting in models with a high quality standard. As espécies do gênero Panicum englobam importantes forrageiras que se destacam no Brasil, devido a alta produtividade, capacidade de adaptação ao pastejo, a condições ambientais e ao manejo, principalmente em áreas cultivadas. Essa alta capacidade de adaptação é de grande importância para a comunidade científica, principalmente em condições de estresse, pois revela genes que podem ser usados para transformação genética. O estresse hídrico pode apresentar impactos significativos no crescimento e desenvolvimento das plantas. Os genes que são expressos nessas condições, podem ser analisados através da bioinformática, que é uma ferramenta que possibilita diferentes análises como a transcriptômica. Com o presente trabalho, objetivou-se buscar genes de resistência a doenças em P. maximum através da transcriptômica, levantando os domínios e classes de proteínas de resistência e fazendo a modelagem 3D de proteínas com os domínios encontrados. Isso foi feito realizando um alinhamento local dos transcritos, organizando os resultados em um banco de dados. Em seguida, foi realizado um levantamento de domínios e classes de resistência, seguido da modelagem 3D. A partir da condição fisiológica de estresse hídrico de Panicum maximum foi verificado a presença de 8 diferentes domínios de proteínas relacionadas à resistência, sendo os domínios mais expressivos Serina-Treonina-Quinase, NBS e LRR. Observou-se a expressão de 10 diferentes classes de proteínas relacionadas à resistência, sendo as classes mais expressivas RLP, NL e CNL; e foi observado similaridade das sequências de resistência entre Panicum maximum e 13 diferentes espécies, sendo as espécies com mais sequências similares Setaria italica, Panicum virgatum e Sorghum bicolor. A modelagem 3D de proteínas de cada domínio observado possibilitou uma compreensão maior das funções de cada uma das proteínas modeladas, tendo como resultado modelos com um alto padrão de qualidade.