The growth of urban areas and the population favored for increased pollution and contamination of river water. To be good indicators of pollution, the fish are widely used to assess water quality. Through the analysis of extracted animal blood cells, it is possible to identify pollutants and contaminants in rivers, through the micronucleus test. The micronucleus is a small body that arises during the process of cell division, and its presence is a strong indication of water contamination. The micronucleus count is a tedious and repetitive work susceptible to error. This paper presents a solution for automatic counting of micronuclei using the particle analyzer technique. In it are discussed two experiments, both using the software ImageJ library for the implementation of the solution. In the results obtained, the first experiment recognized the cells with micronuclei in 81.3% of cases, while the second recognized it in 88.3% of cases.O crescimento das áreas urbanas e da população favoreceu para o aumento de poluição e de contaminação das águas dos rios. Por serem bons indicadores de poluição, os peixes são bastante utilizados para avaliação da qualidade da água. Por meio da analise das células extraídas do sangue do animal, é possível identificar agentes poluidores e contaminadores nos rios, atraves do teste de micronucleo. O micronucleo é um pequeno corpo que se origina durante o processo de divisao celular, e sua presenca é um forte indıcio de contaminacao da agua. A contagem de micronucleo é um trabalho tedioso e repetitivo susceptıvel a erro. O presente trabalho apresenta uma solucao para contagem automatica de micronucleos utilizando a tecnica de analisador de partıculas. Nele sao discutidos dois experimentos, ambos utilizando a biblioteca do software ImageJ para a implementacao da solucao. Nos resultados obtidos, o primeiro experimento reconheceu as celulas com micronucleos em 81,3% dos casos, ja o segundo em 88,3%.