The intestinal protozoan parasites Cryptosporidium and Giardia have deservedmuch attention by the researchers, due to its association with acute and chronicdiarrheic diseases, both in immunocompromised and immunocompetentindividuals. The occurrence of waterborne and foodborne outbreaks enhancetheir importance to Public Health. In May 2007, the II International Giardia andCryptosporidium Conference was held to discuss the current state of knowledge andto identify effective control strategies, to discuss and transmit pertinent informationand technologies, and to encourage young scientists. The purpose of this paperis to spread this information among the Brazilian scientific community. Duringthe event, numerous aspects of the biology of these parasites were discussed, aswell as advances in new detection and molecular characterization methodologies,fundamental to the knowledge of the epidemiology of each species, and proteomicsstudies that could point out new methods to control Giardia and Cryptosporidium.Os protozoários parasitos intestinaisCryptosporidium e Giardia têm merecido grande atenção dos pesquisadores, em virtude de sua associação com doenças diarreicas agudas e crônicas, tanto em pacientes imunocomprometidos quanto em indivíduos imunocompetentes. A ocorrência de surtos pela ingestão de água ou de alimentos contaminados aumenta sua importância em saúde pública.Em maio de 2007, foi realizada a II Conferência Internacional sobre Giardia e Cryptosporidium para discutir o estado atual do conhecimento e formular questões com os objetivos de identificar estratégias efetivas de controle, discutir e transmitir informações pertinentes e tecnologia, além de encorajar jovens cientistas. Este artigo tem como finalidade divulgar essas informações entre a comunidade científica brasileira. Durante o evento, foram discutidos numerosos aspectos da biologia desses parasitos, os avanços das novas tecnologias de detecção e caracterização molecular, fundamentais para o conhecimento da epidemiologia, e também estudos proteômicos que possam indicar novos métodos para o controle de Giardia e de Cryptosporidium.