Canine babesiosis is a disease caused by protozoans of the genus Babesia. Thespecies Babesia canis and Babesia gibsoni are spread all around the world.Babesia canis is classified into three subspecies: B. canis canis, B. canis vogeli and B. canis rossi. The identification of individual species has traditionally beenbased on the morphologic features of the intraerythrocytic forms. B. canis, a largepiroplasm (4-5?m) which usually occurs as a single pear-shaped piroplasm or pairsof merozoítes that divides through binary fission within the erythrocyte, and B.gibsoni, a small parasite that commonly appears as individual ring forms or piriformbodies sized between 1 and 2.5?m. This identification method cannot be used tomorphologically distinguish among the B. canis subspecies. The objective of thepresent study was to identify the species and subspecies of the Babesia organismsinvolved with infections of dogs living in the city of Goiânia, state of Goiás, Brazil, byusing morphological and molecular techniques. Blood samples were obtained fromdogs presenting hemoparasitosis-like clinical signs and submitted to blood smear.Samples that tested positive were then submitted to DNA extraction (30 samples,total). The microscopic examination has shown varied forms of trophozoites andmerozoites. Some samples presented intraeritrocytic bodies with morphologicalfeatures that most resembled B. gibsoni and other equivalent forms of B. canis. Thesubspecies-specific diagnosis by PCR confirmed the molecular identity of B. c.vogeli in the 30 samples. In conclusion, the results indicate that the subspecies B. c.vogeli is well spread in naturally infected dogs from the city of Goiânia, in spite ofsome morphologic differences observed among specimens.A babesiose canina é uma enfermidade causada por hematozoários intraeritrocitários obrigatórios do gênero Babesia. As espécies Babesia canis e Babesia gibsoni apresentam ampla distribuição geográfica. Mundialmente são reconhecidas três subéspecies de B. canis: B. canis canis, B. canis vogeli e B. canis rossi. A caracterização morfológica observada no exame direto de esfregaços sangüíneos permite a diferenciação entre B. canis e B. gibsoni, mas não entre as subespécies de B. canis. B. gibsoni é um parasito pequeno, normalmente encontrado em formas isoladas no interior das hemácias. B. canis é um parasito do grupo das grandes babesias, que geralmente se apresenta aos pares. O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio de estudos morfológicos e moleculares, as espécies e subespécies de Babesia envolvidas nos casos clínicos de babesiose canina na cidade de Goiânia. Amostras de sangue foram colhidas para a preparação de esfregaços sangüíneos e apenas as amostras positivas foram encaminhadas para a extração de DNA, totalizando 30 amostras. A avaliação microscópica dos esfregaços revelou formas intra-eritrocitárias variadas de trofozoítos e merozoítos e, em algumas amostras, prevaleceram formas com valores próximos a B. gibsoni; em outras, formas equivalentes a B. canis. O diagnóstico subespécie-específico por PCR confirmou a identidade molecular de B. c. vogeli nas 30 amostras avaliadas. Dessa forma foi possível concluir que, apesar das diferenças morfométricas verificadas entre as amostras procedentes da cidade de Goiânia, todas foram identificadas como subespécie B. c. vogeli.