O presente trabalho insere-se no âmbito de estudos sobre a formação do pesquisador em educação física com objetivo de analisar as matrizes epistemológicas que fundamentam a formação do pesquisador em Educação Física, tomando-se a estrutura curricular dos Programas de Pós-Graduação em Educação Física avaliados com conceito 5. A pesquisa caracteriza-se como documental com caráter qualitativo. Os resultados apontaram de maneira geral, que os programas fundamentam-se em dimensões nos quais predominam o estudo de questões relativas às ciências naturais; ciências humanas; e fundamentos da ciência. E especificamente da identidade de cada programa por sua vez, observou-se que estes apresentam diferenças nas matrizes epistemológicas em relação à formação do pesquisador.