Apresentamos aqui uma metodologia de pesquisa desenvolvida para a teoria do conhecimento científico onde se usa mapeamento conceitual (Novak, 1990), teoria cognitiva da ciência (Izqueirdo, 2003), teoria da transposição didática (Chevallard, 1982) e linguagem algorítmica. Defendemos a ideia de que em casos particulares, como no estudo da teoria do conhecimento científico, que mapeamento conceitual deve ser realizado sob regras bem definidas. Devido a certas particularidades de como as teorias Físicas são construídas e expressas em termos de leis Físicas teremos que generalizar a ferramenta “mapas conceituais” para descrever como as teorias Físicas são elaboradas. Essa generalização será denominada de “Mapeamento de Estruturas do Conhecimento Científico”. Tendo como tema o tópico da Física denominado Radiação de Corpo Negro e a teoria da Quantização de Planck demonstrar-se-á a utilidade e eficácia dessa metodologia e desta ferramenta.We present a research methodology developed for the theory of scientific knowledge which use conceptual mapping (Novak, 1990), cognitive science theory (Izqueirdo, 2003), theory of didactic transposition (Chevallard 1982) and algorithmic language. We defend the idea that in particular cases, as in the study of the theory of scientific knowledge that conceptual mapping should be done obeying well-defined rules. Due to certain particularities of how Physical theories are constructed and expressed in terms of Physical laws we will have to generalize the tool "conceptual maps" to describe how the Physical theories are elaborated. This generalization will be called "Mapping of Structures of Scientific Knowledge". With theme the part of physics called blackbody radiation and the theory of Planck's quantization it will be demonstrating the usefulness and effectiveness of this methodology and this tool.São Cristóvão, SE