Introdução: As anomalias congênitas são alterações estruturais ou funcionais que se originam na vida intrauterina podendo ser causadas por uma variedade de fatores etiológicos e podem ser detectadas antes, durante ou depois do nascimento. Objetivo: Descrever o perfil epidemiológico das anomalias congênitas no estado de Sergipe no período de 2010 a 2019. Método: Trata-se de um estudo epidemiológico do tipo ecológico. Foram utilizados dados secundários do Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde, no período de 2010 a 2019 e por meio do Sistema de Informação de Nascidos Vivos. Foram realizadas analises descritivas com frequências absolutas, relativas e distribuição espacial das taxas de prevalências nos municípios sergipanos. Resultados: Foi observado no estado de Sergipe o município de São Miguel do Aleixo com maior taxa de prevalência bruta de anomalia congênita (27,77/1000 nascidos vivos). O estado apresenta a categoria outras malformações e deformidades congênitas do aparelho osteomuscular com maior prevalência (29,73%). A maioria dos casos de anomalias ocorreu com nascimento de 37 a 41 semanas de gestação (73,63%), em bebês do sexo masculino (57,91%), com escore de Apgar entre 8 e 10 no primeiro (66,06%) e quinto minuto (82,02%) de vida, com nascimento ocorrido no hospital (99%) por parto cesárea (53,46%). Conclusão: Nos anos de 2010 a 2019 o Estado de Sergipe teve as malformações e deformidades congênitas do aparelho osteomuscular com maior prevalência, com o município de São Miguel do Aleixo com a maior taxa e a maioria dos recém-nascidos do sexo masculino, à termo, no ambiente hospitalar, com escores de apgar adequados e por parto cesárea.São Cristóvão, SE