This cross-sectional observational study was conducted to evaluate the risk factors associated with the infection by Cryptosporidium spp. and Giardia duodenalis in calves of 20 dairy farms located in the mesoregion of Campo das Vertentes in Minas Gerais state, Brazil. The farms were divided equally into two groups according to the type of milk: Group I = B-milk, and Group II = Raw refrigerated milk. Fecal samples from 356 calves were collected from September 2008 to August 2009 and analyzed using the Ziehl-Neelsen stain and fluctuation in 33% zinc sulfate solution to detect, respectively, Cryptosporidium spp. oocysts and G. duodenalis cysts. Data on management practices and health conditions for the cattle rearing were obtained through interviews during the visit to each property at the time when a single sample was collected from feces of calves 1 day to 12 months of age. The overall average frequency of calves infected with Cryptosporidium spp. was 21.62% and the age of 7 to 21 days had the greatest number of animals eliminating oocysts. For G. duodenalis, the overall average frequency was 25.56% and the age group 60 to 90 days had the highest number of calves with cysts in the feces. The results of this study indicate that infection by Cryptosporidium spp. and G. duodenalis is common in calves from dairy cattle in the Campo das Vertentes of Minas Gerais. Among the factors associated with an increased risk of infection by Cryptosporidium spp. and G. duodenalis in calves discussed in this study, the followings stand out: Permanence in the maternity picket for more than 12 hours after birth, colostrum feeding from 7 hours after birth, the first supply of water and concentrate from 1 to 7 days of age, and maintenance in a collective installation and/or one located near the corral.Este estudo observacional do tipo transversal foi realizado com o objetivo avaliar os fatores de risco associados à infecção por Cryptosporidium spp. e Giardia duodenalis em bezerras provenientes de 20 propriedades leiteiras, localizadas na mesorregião do Campo das Vertentes de Minas Gerais. As propriedades foram divididas igualmente em dois grupos de acordo com o tipo de leite produzido: Grupo I = Leite B e Grupo II = Leite cru refrigerado. Amostras fecais de 356 bezerras foram coletadas no período de setembro de 2008 a agosto de 2009 e analisadas utilizando-se os métodos de Ziehl-Neelsen e flutuação em sulfato zinco a 33% para detecção, respectivamente, dos oocistos de Cryptosporidium spp. e cistos de G. duodenalis. Dados sobre práticas de manejo e condições sanitárias de criação dos bovinos foram obtidos por meio de entrevistas durante a visita a cada propriedade, no momento em que foi coletada uma única amostra de fezes de bezerras de 1 dia a 12 meses de idade. A frequência média global de bezerras infectadas por Cryptosporidium spp. foi de 21,62%, sendo a faixa etária de 7- 21 dias de idade a que apresentou o maior número de animais eliminando oocistos. Para G. duodenalis, a frequência média global foi de 25,56% e a faixa etária de 60-90 dias de idade foi a com maior número de animais com cistos nas fezes. Os resultados deste estudo indicam que infecções por Cryptosporidium spp. e G. duodenalis estão amplamente distribuídas entre fêmeas bovinas na fase de cria e recria provenientes de rebanhos leiteiros na mesorregião do Campo das Vertentes de Minas Gerais. Dentre os fatores associados a um maior risco de infecção por Cryptosporidium spp. e G. duodenalis em bezerras, discutidos neste estudo, se destacam os seguintes: a permanência no piquete maternidade por mais de 12h após o nascimento; o fornecimento de colostro a partir de 7h de vida; o primeiro fornecimento de água e concentrado entre 1 e 7 dias de idade; e a manutenção em instalação coletiva e/ou localizada próxima ao curral.