Este Texto para Discussão analisa o histórico, a estrutura e o financiamento da pesquisa agropecuária brasileira avaliando os repasses do governo federal para a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) e, principalmente, os valores do Fundo Setorial do Agronegócio (CT-Agronegócio), que é destinado a fomentar as atividades de pesquisa e desenvolvimento (P&D) relacionadas a esse setor. O objetivo é verificar a constituição atual do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária (SNPA) e como vem se dando a participação do fundo setorial para o fomento da inovação no setor agrícola. Para tanto, analisa-se a evolução ao longo dos anos do SNPA, que engloba uma diversidade de agentes que atuam em redes, com capacidade de interferência no processo de inovação e pesquisa. Assim, observou-se que o sistema é bem estruturado e tem forte dependência de recursos públicos voltados principalmente para a pesquisa básica e aplicada, realizada via Embrapa ou fundos setoriais. O CT-Agronegócio, especificamente, ainda possui participação pouco expressiva na estrutura de pesquisa, porém, com significativa importância para a sinalização de mercado da atuação do governo em P&D do setor agrícola.41 p. : il.