The geographical distribution of the infection by human T-cell lymphotropic virus 1/2 – HTLV 1 / 2 is extensive, nevertheless, there are areas that are more endemic and have more particularities depending on the HTLV type. The HTLV 1 shows a bigger occurrence in south west of Japan, Caribbean, Central America, in different regions of South America and in parts of Central, as well as in western Africa, while HTLV-2, seems to assault distinct groups of people, such as Indians native people from North, Central and South America, Pigmies from Central Africa, Mongols in Asia as well as in infecting drug users. The present work had as objective describing HTLV molecular epidemiology, in three different populations the State of Amapá, they are: HIV/IDS positive patients, Afro-descenig population and individuals assisted of Public Health Center Laboratory of Amapá – LACEN-AP, directed for diagnosis of HTLV. The samples were tested for the presence of virus using serological (ELISA and Western blot) and molecular assays (gene amplification and restriction fragment length polymorphism from pX and env for the analysis of polimorfismo o restriction fragments for endonuclease action. The obtained results in different populations are In the population of HIV infected people, all the samples were negative; in the Afro-desceding population, only one sample was positive confirmed by serological test (ELISA), but negative according to western blot test and submitted to the molecular analysis, there wast not amplification. However, among samples of individuals directed for diagnosis of HTLV, 06 (six) were positive, 5(five) out of 6/them were confirmed by western blot test. The molecular result demonstrated the presence of HTLV-1.A distribuição geográfica da infecção pelo Vírus Linfotrópico de Células T HTLV 1/2 humanas 1 e 2 é ampla, porém existem áreas de maior endemicidade e também particularidades de acordo com o tipo de HTLV. O HTLV-1 apresenta maior soroprevalência no sudoeste do Japão, no Caribe, na América Central, nas diferentes regiões da América do Sul e nas porções centrais e ocidentais da África e Melanésia. Enquanto o HTLV-2 parece acometer grupos populacionais distintos, como as populações nativas de indígenas das Américas do Norte, Central e Sul, pigmeus da África Central, mongóis na Ásia e também usuários de drogas injetáveis. O trabalho realizado teve como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HTLV em três populações distintas do estado do Amapá, que foram: pacientes HIV/AIDS infectado, população afro-descendente e finalmente indivíduos atendidos no Laboratório Central de Saúde Pública do Amapá (LACEN-AP), encaminhados para diagnóstico de HTLV. As amostras foram avaliadas para a presença do vírus por métodos sorológicos (ELISA e Western blot) e moleculares (amplificação gênica e caracterização de segmentos das regiões pX e env pela análise de polimorfismo de fragmentos de restrição por ação de endonuclease. Os resultados obtidos nas diferentes populações foram na população de indivíduos infectados pelo HIV/AIDS, todas as amostras foram negativas, na população afro-descendente, apenas uma amostra apresentou positividade na sorologia pelo método de ELISA, porém foi negativa no Western blot e quando submetida ao método molecular, não houve amplificação. No entanto, entre os indivíduos encaminhados para diagnóstico de HTLV, 06 (seis) amostras foram positivas, e dessas, 05 (cinco) foram confirmadas por Western blot e pelo método molecular. O resultado molecular demonstrou a presença de HTLV-1.