Bottom sediment samples were collected and analyzed for mercury in the Estuary of Santos-SP. The analytical results reveal anthropogenic contamination for some sectors of this estuarine area as a result of petrochemical and metallurgical residues derived from the Industrial District of Cubatão, from the activities of the State of São Paulo Siderurgy (COSIPA), from the Santos harbor and, finally, from effluents discharged by the submarine emissary into the Bay of Santos. The values for the factor of contamination (FC) found in the bottom sediments range from 1 to 3, mainly for the channels of Santos and São Vicente; however, in the Bay of Santos the FC values (below 1) indicate low contamination except in the discharge area of the submarine emissary.Amostras de sedimentos de fundo foram coletadas e analisadas para o mercúrio no Estuário de Santos-SP. Os resultados analíticos foram revistos para contaminação antropogênica de alguns setores da área estuarina como resultado de resíduos petroquímico e metalúrgico derivados do distrito industrial de Cubatão, das atividades siderúrgicas do Estado de São Paulo (COSIPA), do porto de Santos e, finalmente, das descargas dos efluentes do emissário submarino dentro da baía de Santos. Os valores para o fator de contaminação médio (FC) obtidos para os sedimentos de fundo variam de 1 a 3, principalmente para os canais de Santos e São Vicente; entretanto, na baía de Santos, os valores de FC (abaixo de 1) indicam baixa contaminação, exceto na área de descarga do emissário submarino.