As moscas minadoras (Diptera: Agromyzidae) são importantes pragas em cultivos de diversas plantas no mundo. Estes insetos causam danos a diversos hospedeiros por confeccionarem minas serpenteadas nas folhas, reduzindo área fotossintética e favorecendo a entrada de microrganismos fitopatogêncicos nas plantas. Apesar da importância das moscas minadoras pouco se conhece sobre as espécies que ocorrem na região tropical. Assim, este trabalho teve como objetivo identificar morfologicamente e molecularmente, utilizando o gene citocromo c oxidase subunidade I, as espécies de mosca minadora de ocorrência em diferentes cultivos e regiões brasileiras. Foram coletados espécimes de mosca minadora nos estados de Minas Gerais, São Paulo, Rio de Janeiro, Espirito Santo, Bahia e Pernambuco. Foram identificadas oito espécies de moscas minadoras: Calycomyza malvae, Liriomyza brassicae, Liriomyza sp. 1, Liriomyza sp. 2, Liriomyza huidobrensis, Liriomyza sabaziae, Liriomyza sativae e Liriomyza trifolli presentes no Brasil. De acordo com a análise dos componentes principais, as espécies L. sp. 2, L. huidobrensis e L. brassicae tenderam a ocorrer em locais de baixa ocorrência de chuvas. As espécies L. sp. 1, L. sabaziae e L. trifolli tenderam a ocorrer em locais de temperatura mais amena e de maior ocorrência de chuvas. A espécie Calycomyza malvae foi pouco influenciada pelos elementos climáticos.The leafminers (Diptera: Agromyzidae) are important pests on crops of various plants in the world. These insects cause damage to several hosts to make serpentine mines on leaves, reducing photosynthetic area and favoring the entry of phytopathogenic microorganisms on plants. Despite the importance of leafminers little is known about the species that occur in tropical regions. This study aimed to identify morphologically and molecularly, using cytochrome c oxidase subunit I gene, leafminer species occurrence in different crops and regions. Leafminer specimens were collected in the states of Minas Gerais, São Paulo, Rio de Janeiro, Espirito Santo, Bahia and Pernambuco. Eight species of leafminers were identified: Calycomyza malvae, Liriomyza brassicae, Liriomyza sp. 1, Liriomyza sp. 2, Liriomyza huidobrensis, Liriomyza sabaziae, Liriomyza sativae and Liriomyza trifolli present in Brazil. According to main component analysis, the species L. sp. 2, L. huidobrensis and L. brassicae tended to occur in areas of low rainfall. The species L. sp. 1, L. sabaziae and L. trifolli tended to occur in areas of milder temperatures and higher rainfall. The Calycomyza malvae specie was little influenced by climatic factors.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico