A presença e a distribuição de bactérias e leveduras em frutos de café, desinfestados superficialmente, foram observadas, ulilizando-se técnicas de microscopia com colorações biológicas e fluorocromo, inclusão em parafina e técnicas imunológicas. As preparações a fresco e de inclusão em parafina possibilitaram observar a existência de um gradiente de distribuição de bactérias e leveduras na polpa do café, com predomínio de leveduras em sua porção mais externa. Foram encontradas, também, bactérias nas sementes de café. A aplicação de fluoresceína diacetato, em cortes a fresco, não se mostrou eficiente, dada a dificuldade de visualização dos microrganismos in situ e a inespecificidade da reação. Os anticorpos específicos, para a bactéria Klebsiella oxytoca, foram obtidos; porém, a aplicação de imunofluorescência usando anticorpos como sonda, para detecção das bactérias,em tecidos de frutos de café, necessita de adaptações.The presence and distribution of bacteria and yeast in coffee beans disinfected superficially were observed microscopically with biological and fluorochromic dyes, pemianent slides and immunological techniques. Fresh preparations and permanent slides permitted observation of the existence of a distribution gradient of bacteria and yeast within the coffee pulp, with a predominance of yeast in the outer portion. Bacteria were also found in the coffee seeds. Application of fluorescein diacetate in fresh cuts was not found efficient due to difficulty in visualizing the microorganisms in situ and the non specificity of the reaction. Specific antibodies for the bacteria Klebsiella oxytoca were obtained but the application of immunofluorescence using antibodies as probes for the detection of bacteria in coffee bean tissues requires further adaptations.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais