O cupuaçuzeiro é uma fruteira amazônica que produz frutos industrializáveis em forma de compotas, doces, chocolate, sucos e cosméticos, o que justifica a importância de pesquisas visando ao seu melhoramento genético. Para avaliar a divergência genética intrapopulacional, foi utilizado um experimento com 20 progênies de meios-irmãos no delineamento de blocos casualizados completos, com três repetições, em três safras sucessivas no ano agricola 96-97, conduzido na Fazenda experimental da Faculdade de Ciências Agrárias do Amazonas, em Manaus, AM. Foram avaliadas sete características relevantes para o melhoramento da espécie. As técnicas empegadas foram análise de variância multivariada, análise por variáveis canônicas e análise de agrupamento com distância generalizada de Mahalanobis e o método de Tocher. A análise de variância multivariada foi eficiente na avaliação das progênies, evidenciando a presença de variabilidade genética. As duas Maneiras variáveis canônicas concentram mais de 80%.