To characterize the genetic basis of facial features in Latin Americans, we performed a genome-wide association study (GWAS) of more than 6000 individuals using 59 landmark-based measurements from two-dimensional profile photographs and similar to 9,000,000 genotyped or imputed single-nucleotide polymorphisms. We detected significant association of 32 traits with at least 1 (and up to 6) of 32 different genomic regions, more than doubling the number of robustly associated face morphology loci reported until now (from 11 to 23). These GWAS hits are strongly enriched in regulatory sequences active specifically during craniofacial development. The associated region in 1p12 includes a tract of archaic adaptive introgression, with a Denisovan haplotype common in Native Americans affecting particularly lip thickness. Among the nine previously unidentified face morphology loci we identified is the VPS13B gene region, and we show that variants in this region also affect midfacial morphology in mice.Para caracterizar la base genética de los rasgos faciales en los latinoamericanos, realizamos un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) de más de 6000 individuos utilizando 59 mediciones basadas en puntos de referencia de fotografías de perfil bidimensionales y similares a 9 000 000 de nucleótidos únicos genotipados o imputados. polimorfismos. Detectamos una asociación significativa de 32 rasgos con al menos 1 (y hasta 6) de 32 regiones genómicas diferentes, más del doble de la cantidad de loci de morfología facial fuertemente asociados informados hasta ahora (de 11 a 23). Estos éxitos de GWAS están fuertemente enriquecidos en secuencias reguladoras activas específicamente durante el desarrollo craneofacial. La región asociada en 1p12 incluye un tracto de introgresión adaptativa arcaica, con un haplotipo de Denisovan común en los nativos americanos que afecta particularmente al grosor de los labios. Entre los nueve loci de morfología facial no identificados previamente que identificamos se encuentra la región del gen VPS13B, y mostramos que las variantes en esta región también afectan la morfología mediofacial en ratones.