Chloroplast genome of Tillandsia marconae till & Vitek (Bromeliaceae), a hyperarid desert endangered species

Genoma del cloroplasto de Tillandsia marconae till & Vitek (Bromeliaceae), una especie en peligro de extinción del desierto hiperárido

dc.contributorwhuanca@uta.cl
dc.contributorPrograma de Investigador Externo de la Universidad de Tarapaca; Convenio de Desempeno Regional [UTA1795, UTA1799]; Programa Nacional de Innovacion Agraria (PNIA) [11115-P0048950000101, OGM 8]
dc.contributorContreras Díaz, Roberto https://orcid.org/0000-0002-5607-811X
dc.contributorFerro Mauricio, Ruben Dario https://orcid.org/0000-0002-1408-3340
dc.creatorCesar Chavez-Galarza, Julio
dc.creatorCardenas-Ninasivincha, Stefanny
dc.creatorContreras, Roberto
dc.creatorFerro-Mauricio, Ruben
dc.creatorHuanca-Mamani, Wilson
dc.date2023-04-18T01:50:10Z
dc.date2023-04-18T01:50:10Z
dc.date2021
dc.date.accessioned2023-09-27T20:20:50Z
dc.date.available2023-09-27T20:20:50Z
dc.identifierhttps://repositorio.uta.cl/xmlui/handle/20.500.14396/2429
dc.identifier2380-2359
dc.identifier10.1080/23802359.2021.1944364
dc.identifierTX5MT
dc.identifier34395883
dc.identifierWOS:000683135300001
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8943732
dc.descriptionTillandsia marconae Till & Vitek (Bromeliaceae) is a rare plant native species that grows over sand, in the coastal desert from Peru and Chile and is considered an endangered species. In this study, we assembled its chloroplast genome. The draft chloroplast genome of T. marconae is ca. 158,873 bp in length, containing a large single-copy region of 86,937 bp, a small single-copy region of 18,506 bp, and a pair of inverted repeat regions of 26,715 bp. The GC content of the draft chloroplast genome is 37.4%. It encodes a total of 135 genes, including 86 protein-coding genes, 38 tRNA genes, 8 rRNA genes, and three pseudogenes. The phylogenetic tree indicated that T. marconae is placed within the Bromeliaceae family and a close relationship with Tillandsia usneoides with 100% support.
dc.descriptionTillandsia marconae Till & Vitek (Bromeliaceae) es una especie nativa de planta rara que crece sobre la arena, en el desierto costero de Perú y Chile y se considera una especie en peligro de extinción. En este estudio, ensamblamos su genoma de cloroplasto. El borrador del genoma del cloroplasto de T. marconae es ca. 158.873 pb de longitud, que contiene una gran región de copia única de 86.937 pb, una pequeña región de copia única de 18.506 pb y un par de regiones repetidas invertidas de 26.715 pb. El contenido de GC del borrador del genoma del cloroplasto es del 37,4%. Codifica un total de 135 genes, incluidos 86 genes que codifican proteínas, 38 genes de ARNt, 8 genes de ARNr y tres pseudogenes. El árbol filogenético indicó que T. marconae se ubica dentro de la familia Bromeliaceae y una estrecha relación con Tillandsia usneoides con 100% de apoyo.
dc.formatapplication/pdf
dc.format3 páginas
dc.languageEnglish
dc.publisherTAYLOR & FRANCIS LTD
dc.relationMitochondrial Dna Part B-Resources, vol.6 no.9 (2021) p. 2562 - 2564
dc.relationhttps://doi.org/10.1080/23802359.2021.1944364
dc.rightsgold, Green Published
dc.rightsAcceso abierto
dc.sourceMitochondrial Dna Part B-Resources
dc.subjectChloroplast Genome
dc.subjectTillandsia
dc.subjectAlgorithm
dc.subjectLomas
dc.subjectGenoma del Cloroplasto
dc.subjectTillandsia
dc.subjectAlgoritmo
dc.subjectLomas
dc.titleChloroplast genome of Tillandsia marconae till & Vitek (Bromeliaceae), a hyperarid desert endangered species
dc.titleGenoma del cloroplasto de Tillandsia marconae till & Vitek (Bromeliaceae), una especie en peligro de extinción del desierto hiperárido
dc.typeArtículo de revista


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