This paper discusses the methodological problems in the scientific research on HIV/AIDS in Bolivia, both in the areas of epidemiology and social sciences. Studies associated with this research served as the basis for the implementation of health programs run by The Global Fund, The Pan-American Health Organization, International Cooperation, Non-Governmental Organizations and the Bolivian Ministry of Health and Sports. An analysis of the methodological contradictions and weaknesses was made by reviewing the bibliography of the studies and by conducting qualitative methodological research, that was focused on the quality of health care available to people living with HIV/AIDS in public hospitals and health centers, and looked at how programs targeted at this sector of the population are designed and delivered. In this manner, it was possible to observe the shortcomings of the methodological design in the epidemiological and social science studies which serve as the basis for the implementation of these health programs.Este artículo discute los problemas metodológicos en la investigación científica sobre el VIH/SIDA en Bolivia, tanto en el área de la epidemiología como en el de las ciencias sociales. Los estudios asociados a esta investigación sirvieron de base para la implementación de programas de salud a cargo del Fondo Mundial, la Organización Panamericana de la Salud, la Cooperación Internacional, Organizaciones No Gubernamentales y el Ministerio de Salud y Deportes de Bolivia. Se realizó un análisis de las contradicciones y debilidades metodológicas mediante la revisión de la bibliografía de los estudios y la realización de una investigación metodológica cualitativa, que se centró en la calidad de la atención en salud disponible para las personas que viven con VIH/SIDA en los hospitales y centros de salud públicos, y buscó cómo se diseñan y ejecutan los programas dirigidos a este sector de la población. De esta manera, fue posible observar las falencias del diseño metodológico en los estudios epidemiológicos y de ciencias sociales que sirven de base para la implementación de estos programas de salud.