Artículo de revista
ONT-Based Draft Genome Assembly and Annotation of Alternaria atra
Proyecto de ensamblaje del genoma basado en ONT y anotación de Alternaria atra
Registro en:
0894-0282
1943-7706
10.1094/MPMI-01-21-0016-A
WM1CQ
33779266
WOS:000710831400022
Autor
Bonthala, Bhawna
Small, Corinn S.
Lutz, Maximilian A.
Graf, Alexander
Krebs, Stefan
Sepulveda, German
Stam, Remco
Institución
Resumen
Species of Alternaria (phylum Ascomycota, family Pleosporaceae) are known as serious plant pathogens, causing major losses on a wide range of crops. Alternaria atra (previously known as Ulocladium atrum) can grow as a saprophyte on many hosts and causes Ulocladium blight on potato. It has been reported that it can also be used as a biocontrol agent against Botrytis cinerea. Here, we present a scaffold-level reference genome assembly for A. atra. The assembly contains 43 scaffolds with a total length of 39.62 Mbp, with scaffold N-50 of 3,893,166 bp, L-50 of 4, and the longest 10 scaffolds containing 89.9% of the assembled data. RNA-sequencing-guided gene prediction using BRAKER resulted in 12,173 protein-coding genes with their functional annotation. This first highquality reference genome assembly and annotation for A. atra can be used as a resource for studying evolution in the highly complicated Alternaria genus and might help in understanding the mechanisms defining its role as pathogen or biocontrol agent. Las especies de Alternaria (phylum Ascomycota, familia Pleosporaceae) son conocidas como patógenos de plantas graves, que causan grandes pérdidas en una amplia gama de cultivos. Alternaria atra (anteriormente conocida como Ulocladium atrum) puede crecer como saprófito en muchos huéspedes y causa el tizón de Ulocladium en la papa. Se ha informado que también se puede utilizar como agente de control biológico contra Botrytis cinerea. Aquí, presentamos un ensamblaje del genoma de referencia a nivel de andamio para A. atra. El conjunto contiene 43 andamios con una longitud total de 39,62 Mbp, con el andamio N-50 de 3 893 166 pb, el L-50 de 4 y los 10 andamios más largos que contienen el 89,9% de los datos ensamblados. La predicción de genes guiada por secuenciación de ARN utilizando BRAKER dio como resultado 12 173 genes codificadores de proteínas con su anotación funcional. Este primer ensamblaje y anotación del genoma de referencia de alta calidad para A. atra se puede utilizar como un recurso para estudiar la evolución en el género Alternaria altamente complicado y podría ayudar a comprender los mecanismos que definen su papel como patógeno o agente de control biológico.