The southwestern Andes of Peru harbors a hidden taxonomic diversity of Lepidoptera. Here a new leafmining species of Gracillariidae (Lepidoptera) is described, Phyllocnistis furcata Vargas & Cerdena, sp. nov. from a dry Andean valley of southern Peru, at 2400 m above sea level. The morphological aspects of adults (male and female) and the immature stages associated with Baccharis alnifolia Meyen & Walp. (Asteraceae) are given, under optical microscopy and scanning electron microscopy. DNA barcodes show that its nearest neighbor is the Atlantic Forest species Phyllocnistis ourea Brito & Moreira, 2017 that feeds on Baccharis anomala DC. The importance of morphological characters from immature stages for diagnosis among congeneric species is also discussed. Phyllocnistis furcata represents the fourth species of Phyllocnistis Zeller for Peru, and first record from the south of Peru for the genus.Los Andes del suroeste del Perú albergan una diversidad taxonómica oculta de lepidópteros. Aquí se describe una nueva especie minadora de Gracillariidae (Lepidoptera), Phyllocnistis furcata Vargas & Cerdena, sp. nov. de un valle andino seco del sur del Perú, a 2400 m sobre el nivel del mar. Los aspectos morfológicos de los adultos (machos y hembras) y los estados inmaduros asociados con Baccharis alnifolia Meyen & Walp. (Asteraceae), bajo microscopía óptica y microscopía electrónica de barrido. Los códigos de barras de ADN muestran que su vecino más cercano es la especie del Bosque Atlántico Phyllocnistis ourea Brito & Moreira, 2017 que se alimenta de Baccharis anomala DC. También se discute la importancia de los caracteres morfológicos de estados inmaduros para el diagnóstico entre especies congenéricas. Phyllocnistis furcata representa la cuarta especie de Phyllocnistis Zeller para el Perú y el primer registro del sur del Perú para el género.