The incorporation of the scientific inquiry in rural science classrooms brings up important challenges for the teachers leading them. This current paper analyzes the importance of the teacher's role in a scientific inquiry activity. Therefore, an analysis was carried out in the case of the Mitigation of the whitefly in the ficus tree. This inquiring experience was applied with 22 sixth to eighth grade elementary students from a vulnerable rural school in Chile. The main results support that the students' learning through inquiry demands a guidance and an adequate support offered by the teacher. Besides, the case study shows how the inquiry-based science education can emerge from deprived rural contexts through inquiry.La incorporación de la indagación científica en las aulas de ciencias rurales plantea importantes desafíos para los docentes que las dirigen. El presente trabajo analiza la importancia del papel del docente en una actividad de indagación científica. Por ello, se realizó un análisis en el caso de la Mitigación de la mosca blanca en el ficus. Esta experiencia indagatoria se aplicó con 22 alumnos de sexto a octavo grado de primaria de una escuela rural vulnerable de Chile. Los principales resultados sustentan que el aprendizaje de los estudiantes a través de la indagación demanda una orientación y un apoyo adecuado por parte del docente. Además, el estudio de caso muestra cómo la educación científica basada en la indagación puede emerger de contextos rurales desfavorecidos a través de la indagación.