O objetivo desta revisão bibliográfica é apresentar um conjunto de ferramentas metodológicas úteis para as análises da dinâmica biofísica de agroecossistemas. Essas metodologias envolvem o cálculo dos Retornos de Energia Investida (REIs), que são indicadores de eficiência energética construídos a partir da quantificação e classificação da Produtividade Primária Líquida (PPL) e do consumo de insumos externos. Esses indicadores expressam não só o custo de energia da biomassa líquida produzida em benefício da sociedade, mas também possibilitam a coleta de informações sobre mudanças estruturais nos agroecossistemas que afetam a manutenção dos serviços ecossistêmicos por eles promovidos. O assunto foi abordado a partir do enfoque teórico-metodológico do Metabolismo Social Agrário e da perspectiva agroecológica. Com isso, buscou-se demonstrar que o uso de um conjunto de REIs proporciona uma análise mais profunda sobre a relação entre o fluxo energético, a manutenção dos elementos de fundo e a capacidade dos agroecossistemas de gerarem serviços ambientais.