In this paper, we describe qualitative aspects related to toponymic variation in past synchronies. For that, we selected place names registered in documents concerning donation of lands of the captaincy of Sergipe Del Rey dated from the first decades of interethnic contact between Iberian colonizers and indigenous peoples. In that context, two naming systems started to coexist in the geographical space: a pre-existing indigenous toponymy and a new nomenclature under the colonizers’ ideological sign. Considering the competition and concurrence of place names, we identified cases of toponymic change, but also of incorporation, in maps and records, of an indigenous layer prior to the colonization process.Este trabalho discute os processos de variação linguística em nomes próprios de lugares numa perspectiva diacrônica. Considerando que, nas denominações geográficas, as variantes costumam ocorrer nos níveis lexicais e grafo-fonéticos, tal debate assinala algumas especificidades em relação a corpora toponímicos históricos, especialmente ao descrever e analisar topônimos sergipenses coletados em cartas de sesmarias da capitania de Sergipe Del Rey dos séculos XVI e XVII. Além disso, advoga-se pelo estabelecimento filológico de corpora dessa natureza, para que o tratamento toponímico esteja isento de afirmações fantasiosas.